공사를 마무리하지 않은 상태에서 세금계산서를 조건으로 부가가치세만 별도로 요구하는 경우, 그 부가세를 반드시 지급해야 하는지는 거래의 실질과 세금계산서 발급 시점에 따라 달라집니다.
먼저 부가가치세는 원칙적으로 재화 또는 용역의 공급시기에 세금계산서를 발급하고 거래징수하는 구조입니다. 공사가 아직 끝나지 않았다면 용역의 공급시기가 도래하지 않았을 가능성이 크고, 이 상태에서 세금계산서만 먼저 발급하는 것은 선발급 세금계산서 특례에 해당할 수 있습니다. 다만 선발급이 인정되려면 대가의 전부 또는 일부를 받고 발급하거나, 발급 후 7일 이내에 대가를 받는 등의 요건이 필요합니다.
이미 공급가액을 입금했다고 하셨는데, 그 입금이 공사 완료 전에 이루어진 것인지, 공사 완료 후에 이루어진 것인지에 따라 판단이 달라집니다.
또한 계약 해지로 인한 위약금이나 손해배상금처럼 재화·용역의 공급과 직접 관련 없는 금전은 부가가치세 과세대상이 아니므로 세금계산서 발급대상이 아닙니다. 지금 상황이 단순한 공사대금의 일부인지, 아니면 공사 미이행에 따른 위약금 성격인지에 따라 부가세 요구의 타당성이 달라질 수 있습니다.
정리하면,
현재 정보만으로는 부가세 지급 의무를 단정하기 어려우므로, 공사 진행 정도, 이미 지급한 돈의 성격, 세금계산서 발급 예정 시점을 기준으로 실제 공급시기와 세금계산서 발급 요건이 맞는지 확인해 보시는 것이 좋습니다.