1세대 1주택 장기보유특별공제는 2021년 1월 1일 이후 양도분부터 보유기간뿐 아니라 거주기간 요건도 함께 적용되므로, 10년 넘게 보유했더라도 직접 거주하지 않았다면 거주기간에 따른 추가 공제를 받지 못해 혜택이 줄어듭니다.
1세대 1주택 장기보유특별공제는 양도차익에 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 각각 곱해 합산합니다(소득세법 제95조제2항).
보유기간 공제율은 3년 이상부터 연 4% 수준으로 올라가며, 10년 이상이면 최대 40%까지 적용됩니다.
거주기간 공제율도 2년 이상부터 연 4% 수준으로 올라가며, 10년 이상 거주하면 최대 40%까지 적용됩니다.
따라서 보유 10년 이상 + 거주 10년 이상이면 합계 최대 80%까지 가능하지만, 보유 10년 이상 + 거주 없음이면 보유기간 공제율만 적용되어 최대 40% 수준에 그칩니다.
2021년 1월 1일 이후 양도분부터는 1세대 1주택이라도 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 위 표2(보유+거주 합산 공제)를 적용받을 수 있습니다.
거주기간이 2년 미만이면 거주기간 공제를 받지 못하므로, 오래 보유했더라도 공제율이 크게 낮아질 수 있습니다.
다만 이는 1세대 1주택에 해당하는 경우의 장기보유특별공제 이야기이고, 비과세 여부(1세대 1주택 비과세)와는 별개입니다.
비과세는 보유기간 2년 이상 등 다른 요건을 따지며, 취득 당시 조정대상지역 주택이면 2년 이상 거주 요건이 추가될 수 있습니다.
거주기간 판정은 주민등록표 등본상 전입일부터 전출일까지의 기간을 기준으로 하므로, 실제 거주 사실과 서류상 전입 기록이 일치하는지 확인해 보시는 것이 좋습니다.
고가주택(양도가액 12억원 초과) 여부는 비과세 및 공제 적용 방식에 영향을 줄 수 있어 함께 확인이 필요합니다.
정리하면, 10년 이상 보유했어도 직접 거주하지 않았다면 1세대 1주택 장기보유특별공제에서 거주기간 공제를 받지 못해 혜택이 줄어드는 방향이 맞습니다. 다만 실제 적용 결과는 1세대 1주택 여부, 취득 당시 조정대상지역 여부, 거주기간, 고가주택 여부 등 개별 조건에 따라 달라지므로, 해당 주택의 취득 시점과 거주 이력을 기준으로 확인해 보셔야 합니다.