결론부터 말씀드리면, 부부가 공동명의로 1주택만 소유하고 있더라도, 동일 주택에 30세 이상 직장인 자녀가 세대분리되어 별도 세대주로 등록된 경우에는 원칙적으로 부부공동명의 1세대 1주택 특례 적용이 어렵습니다.
이유는 종합부동산세법상 ‘1세대’ 판단 기준이 주민등록상 세대분리와 함께 실질적인 생활관계(생계를 같이하는지)를 함께 보기 때문입니다.
따라서 질문하신 상황처럼 같은 주택을 함께 사용하면서 주민등록만 분리한 상태라면, 부부공동명의 1세대 1주택 특례 적용이 제한될 가능성이 높습니다.
반대로 자녀가 실제로 별도 주거에서 독립 생계를 유지하고 있어 실질적 별도 세대로 인정된다면, 공동명의 1주택자 특례 적용 가능성이 생길 수 있습니다. 이 경우 어느 쪽을 공동명의 1주택자(납세의무자)로 신청할지, 지분율이 큰 사람 또는 지분율이 같으면 합의한 사람을 기준으로 신청하게 됩니다.
실무적으로는 다음 사항을 확인해 보시는 것이 좋습니다.
종합부동산세는 인별 과세가 원칙이고, 1세대 1주택 특례는 실질 생활관계를 함께 보므로 주민등록상 세대분리만으로 결론이 정해지지 않습니다. 실제 거주 형태와 생계 독립 여부에 따라 판단이 달라질 수 있어, 구체적인 거주·생계 상황을 기준으로 검토하시는 것이 필요합니다.