건축허가 제한으로 나대지 상태인 토지라고 해서 종합부동산세 종합합산과세대상에서 자동으로 제외되지는 않습니다. 종합부동산세는 지방세인 재산세의 과세대상 구분을 그대로 따라 과세하므로, 해당 토지가 재산세에서 종합합산과세대상으로 분류되어 있으면 종합부동산세도 종합합산과세대상으로 과세됩니다.
따라서 질문하신 상황만으로는 종합합산과세대상에서 제외된다고 보기 어렵고, 해당 토지가 별도합산 또는 분리과세 요건을 실제로 충족하는지, 또는 위 주택건설사업자 과세특례 요건에 해당하는지를 먼저 확인해야 합니다. 최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.