거주주택 비과세를 받은 후 임대주택 등록이 자동 말소되면 세금이 추징되나요?

거주주택 비과세를 이미 받은 뒤 임대주택 등록이 자동 말소되더라도, 말소된 임대주택이 폐지유형(단기민간임대주택 또는 아파트 장기일반민간 매입임대주택)이고 임대의무기간의 2분의 1 이상을 실제 임대한 경우라면, 거주주택 비과세는 추징되지 않습니다.

다만 이 결론은 거주주택 양도일 현재와 말소 사유·임대주택 유형에 따라 달라지므로, 아래 요건을 먼저 확인해야 합니다.

• 거주주택 비과세는 양도일 현재 세무서 사업자등록(소득세법 §168)과 지자체 임대사업자 등록(민간임대주택법 §5)을 유지한 상태에서, 2년 이상 거주한 거주주택을 양도할 때 적용됩니다.
• 임대주택이 자동말소(민간임대주택법 §6⑤) 또는 임대의무기간 중 자진말소(같은 법 §6①11)된 경우, 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 한해 말소일로부터 5년 이내 거주주택을 양도하면 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 비과세를 적용할 수 있습니다.
• 위 보완규정은 폐지유형 임대주택(단기민간임대주택, 아파트 장기일반민간 매입임대주택)에 주로 적용되며, 자동·자진말소로 세법상 의무임대기간을 채우지 못하더라도 이미 비과세를 받은 분을 추징하지 않는 취지가 포함되어 있습니다.
• 반대로 거주주택을 먼저 양도하고 나서 임대주택이 자동·자진말소된 경우에도, 말소된 임대주택이 폐지유형이고 임대의무기간 2분의 1 이상 임대 요건을 충족하면 기양도분에 대해 추징하지 않는 것으로 안내됩니다.

확인해야 할 핵심 포인트는 다음과 같습니다.

• 거주주택 양도일 현재 임대주택 등록이 살아 있었는지
• 말소된 임대주택이 단기민간임대주택 또는 아파트 장기일반민간 매입임대주택인지
• 말소 사유가 자동말소인지, 임대의무기간 2분의 1 이상 임대 후 자진말소인지
• 실제 임대기간이 임대의무기간의 2분의 1 이상인지
• 거주주택이 2년 이상 거주 요건을 충족했는지

위 요건에 해당하지 않는 일반 장기임대주택이나, 임대의무기간 2분의 1 미만 상태에서 말소된 경우 등은 거주주택 비과세 적용 또는 사후 추징 여부가 달라질 수 있으므로, 임대주택 유형·등록일·말소일·실제 임대기간·거주주택 거주기간을 기준으로 개별 확인이 필요합니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.