농업회사법인의 식량작물재배업 외 소득에 대해 5년이 지나면 법인세 면제 대상에서 제외되나요?

농업회사법인과 영농조합법인의 법인세 면제·감면은 소득 종류와 적용기한에 따라 5년 경과만으로 일률적으로 배제되지 않습니다.

적용기한

• 두 법인 모두 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 법인세 면제·감면 규정이 적용됩니다.
• 따라서 5년 경과 여부보다 해당 과세연도가 2026년 12월 31일 이전인지가 먼저 확인되어야 합니다.

소득 종류별 구분

• 식량작물재배업소득은 전액 법인세가 면제됩니다.
• 식량작물재배업 외의 작물재배업 소득은 대통령령으로 정하는 계산식 범위 내에서 면제됩니다.
• 식량작물재배업 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득은 면제가 아니라 최초 해당 소득 발생 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 않으면 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 법인세의 50% 감면 대상입니다.

5년 관련 포인트

• 위 50% 감면은 최초 소득 발생 시점을 기준으로 감면기간(5년 + 4년)이 정해지는 구조이므로, 단순히 사업을 시작한 지 5년이 지났다고 해서 무조건 면제 대상에서 제외되는 것은 아닙니다.
• 다만 작물재배업 외 소득은 면제 대상이 아니라 감면 대상이고, 감면기간·감면율(50%)이 적용되므로 식량작물재배업소득과 동일하게 전액 면제로 보면 안 됩니다.
• 감면기간 초과 적용 오류 사례에서도, 과거 5년 전에 작물재배업 외 소득으로 감면받은 이력이 있는 경우 등 감면기간(5년)을 초과해 적용하지 않도록 안내하고 있습니다.

함께 확인할 사항

• 해당 법인이 농어업경영정보를 등록한 농업회사법인 또는 영농조합법인인지
• 해당 소득이 식량작물재배업소득, 식량작물재배업 외 작물재배업 소득, 그 외 대통령령 소정 소득 중 어디에 해당하는지
• 해당 과세연도가 2026년 12월 31일 이전인지

정리하면, 5년 이상 지났다는 사실만으로 법인세 면제 대상에서 제외된다고 단정할 수 없고, 소득 종류와 감면기간 계산, 적용기한(2026년 12월 31일)을 함께 확인해야 합니다.