근로소득 원천징수가 누락되었을 때 지급명세서 미제출 가산세도 함께 부과되나요?

근로소득 원천징수가 누락되면 원천징수세액과 원천징수납부불성실 가산세가 우선 문제 되고, 지급명세서 제출의무까지 이행하지 않았다면 지급명세서 미제출 가산세도 별도로 부과될 수 있습니다. 다만 두 가산세는 같은 누락에서 나오더라도 성격과 부과 요건이 달라서, 원천징수 누락만으로 지급명세서 가산세가 자동으로 붙는 것은 아니고 지급명세서를 기한까지 제출하지 않았거나 제출된 내용이 불분명·사실과 다른 경우에 부과됩니다.

1. 원천징수 누락 시 먼저 적용되는 것

• 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 기한까지 납부하지 않거나 미달하게 납부한 경우, 세무서장은 그 징수하여야 할 세액에 원천징수 등 납부불성실 가산세를 더한 금액을 원천징수의무자로부터 징수합니다.
• 원천징수를 하지 않은 경우라도, 해당 소득이 근로자의 신고에 이미 산입되었거나 과세관청이 근로자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우에는 원천징수의무자에게 가산세만 징수하는 방식으로 처리될 수 있습니다.

2. 지급명세서 미제출 가산세가 붙는 경우

• 지급명세서를 제출하여야 할 자가 기한까지 제출하지 않은 경우, 제출하지 않은 분의 지급금액 1%를 가산세로 부담합니다. 제출기한이 지난 후 3개월 이내에 제출하면 0.5%로 줄어듭니다.
• 제출된 지급명세서가 불분명하거나 기재된 지급금액이 사실과 다른 경우에도 그 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급금액 1%가 가산세로 부과됩니다.
• 근로소득 지급명세서는 그 지급일이 속하는 과세기간의 다음 연도 3월 10일까지 제출하는 것이 원칙입니다.

3. 함께 확인할 실무 포인트

• 원천징수 누락과 지급명세서 미제출은 별개 의무이므로, 원천세 납부 문제가 해결돼도 지급명세서를 제출하지 않았다면 지급명세서 가산세는 남을 수 있습니다.
• 지급명세서 가산세는 중소기업 아닌 기업의 경우 1억원을 한도로 하고, 의무위반을 고의적으로 한 경우에는 그 한도가 적용되지 않을 수 있습니다.
• 인건비가 근로소득인지, 사업소득인지, 기타소득인지에 따라 제출 대상 명세서와 제출기한, 가산세율이 달라질 수 있습니다.

정리하면, 근로소득 원천징수 누락 자체만으로 지급명세서 미제출 가산세가 자동으로 부과되는 것은 아니지만, 지급명세서 제출의무까지 이행하지 않았다면 지급금액의 1%(3개월 이내 지연제출 시 0.5%) 상당의 지급명세서 가산세가 함께 부과될 수 있습니다. 실제 적용 여부는 소득 종류, 지급 시기, 제출 여부, 불분명 여부, 고의성 여부에 따라 달라지므로 누락 경위와 현재 제출 상태를 먼저 확인한 뒤 관할 세무서나 세무 전문가에게 점검받는 것이 안전합니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.