홈택스에서 거래사실 확인신청서를 통해 매입자발행세금계산서 발급용 확인통지서를 수령했는데, 이후 회사에서 처리해야 할 절차는 무엇인가요?

거래사실 확인통지서(신청자용)를 받으셨다면, 이제 매입자발행세금계산서를 직접 발행하여 공급자에게 교부하는 단계가 남아 있습니다.

1. 매입자발행세금계산서 발행

• 공급자 관할 세무서장이 확인한 거래일자를 작성일자로 하여 매입자발행세금계산서를 발행합니다.
• 발행 서식은 별지 제14호의3서식을 사용합니다.
• 발행 주체는 신청인(매입자)인 귀사입니다.

2. 공급자에게 교부

• 발행한 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부해야 합니다.
• 다만, 신청인과 공급자 모두 관할 세무서장으로부터 거래사실 확인 통지(제9항제1호)를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 공급자에게 교부한 것으로 봅니다.

3. 매입세액 공제를 위한 후속 절차

• 부가가치세 예정신고, 확정신고 또는 경정청구를 할 때 매입자발행세금계산서합계표(별지 제14호의4서식)를 제출해야 합니다.
• 이 합계표를 제출하면 매입자발행세금계산서에 기재된 매입세액을 해당 재화·용역의 공급시기에 해당하는 과세기간의 매출세액 또는 납부세액에서 공제받을 수 있습니다.

4. 거래사실 확인 통지 관련 유의 사항

• 공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실 여부를 확인하여 공급자와 신청인 관할 세무서장에게 통지합니다.
• 거래사실 확인 기간은 공급자의 부도·질병·장기출장 등으로 확인이 곤란하여 공급자가 연기를 요청하거나, 세무공무원이 2회 이상 방문했으나 공급자를 만나지 못한 경우 등 불가피한 사유가 있으면 20일 이내 범위에서 연장될 수 있습니다.
• 거래사실의 존재 및 내용에 대한 입증책임은 신청인에게 있으므로, 대금 결제 증빙 등 거래사실 입증자료를 확보해 두셔야 합니다.

5. 신청 요건 재확인

• 거래건당 공급대가가 5만원 이상(2023.2.27. 이전 공급분은 10만원 이상)인 거래가 대상입니다.
• 신청 기한은 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 이내(2024.2.28. 이전 확인 신청은 6개월 이내)입니다.
• 신청 당시 미등록 사업자나 휴·폐업자와의 거래가 명백하면 확인이 거부될 수 있습니다.

요약하면, 확인통지서를 받은 뒤에는 매입자발행세금계산서를 발행·교부하고, 이후 부가가치세 신고 시 매입자발행세금계산서합계표를 제출하여 매입세액 공제를 받는 절차를 진행하시면 됩니다.