합병과세특례신청서를 합병법인이 피합병법인의 납세지 관할 세무서에 제출하는 것이 맞나요?

맞습니다. 합병과세특례신청서는 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 것이 원칙입니다.

• 법인세법 시행령 제80조제3항에 따라, 적격합병 관련 규정(제1항제1호)을 적용받으려는 피합병법인이 법인세 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 합병과세특례신청서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다.
• 이때 합병법인은 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인의 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출해야 합니다(법인세법 시행령 제80조의4제11항).
• 즉, 합병법인이 자기 납세지 관할 세무서가 아니라 피합병법인 쪽 관할 세무서에 함께 내는 구조입니다.

다만 실제 신고 실무에서는 합병·분할로 해산하는 법인의 신고 관할이나 서류 제출 방식이 사안별로 달라질 수 있으니, 합병 구조와 납세지 상황을 함께 확인해 보시는 것이 좋습니다.