펀드규약 관련해서도 과점주주 간주취득세 적용이 되는지 궁금합니다.

펀드규약(투자신탁계약) 자체만으로 과점주주 간주취득세가 자동으로 적용되는 것은 아니지만, 실질과세원칙에 따라 집합투자업자가 해당 법인의 주식을 실질적으로 지배·관리하는 과점주주로 판단되면 간주취득세가 부과될 수 있습니다.

• 과점주주 간주취득세는 법인의 주식 또는 지분을 취득해 과점주주(특수관계인 포함 소유주식 합계가 발행주식 총수의 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자)가 되면, 그 과점주주가 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 보아 취득세를 부과하는 제도입니다.
• 펀드(투자신탁)의 경우, 자본시장법상 집합투자업자는 신탁업자에게 투자대상자산의 취득·처분 등에 관해 필요한 지시를 하고, 신탁업자는 그 지시에 따라야 하며, 집합투자재산에 속하는 주식의 의결권도 집합투자업자가 행사합니다. 따라서 주식의 명의가 수탁자에게 있더라도, 실질적으로 주식을 운용하면서 주주권을 행사할 권한이 있는 주체가 따로 있으면 그 실질귀속자를 기준으로 판단할 수 있습니다.
• 대법원 2025. 3. 27. 선고 2024두65126 판결은 집합투자업자가 복수의 수탁자를 통해 부동산투자회사의 주식을 각 50%씩 취득하게 한 사안에서, 주식의 귀속 명의에도 불구하고 실질적으로는 집합투자업자만이 투자대상자산을 운용하면서 주주권을 행사할 권한이 있고, 취득세·간주취득세를 회피할 목적에서 일련의 거래행위를 하였다고 보아 집합투자업자를 과점주주로 인정해 간주취득세를 부과할 수 있다고 판단하였습니다.
• 다만, 이러한 판단은 주식의 귀속 명의자가 이를 지배·관리할 능력이 없고, 명의자에 대한 지배권 등을 통해 실질적으로 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 과점주주 간주취득세 규정의 적용을 회피할 목적에서 비롯된 경우라는 요건을 종합적으로 고려해 이루어집니다. 단순히 펀드규약이 있다는 이유만으로 과점주주 간주취득세가 적용된다고 단정할 수는 없습니다.
• 또한 신탁법상 신탁과 자본시장법상 투자신탁은 소유권·관리권 이전 구조가 다를 수 있으므로, 신탁의 종류, 펀드규약 내용, 주식 취득 경위, 의결권 행사 구조, 거래 목적 등을 함께 검토해야 합니다.

결론적으로, 펀드규약 관련이라도 실질과세원칙에 따라 집합투자업자가 과점주주로 평가되면 간주취득세 적용 대상이 될 수 있으나, 이는 구체적 사실관계에 따라 판단되므로 개별 사안의 구조를 확인할 필요가 있습니다.