법인이 중소기업이 아닐 때 이월결손금 공제 등에서 받는 불이익은 무엇인가요?

중소기업이 아닌 법인(일반법인·중견기업 등)은 이월결손금 공제 한도가 더 낮고, 연구·인력개발비 세액공제 등 일부 공제·감면에서 적용 범위나 공제율이 달라집니다.

이월결손금 공제 한도

• 일반법인은 각 사업연도 소득의 100분의 80까지만 이월결손금을 공제할 수 있습니다.
• 중소기업, 회생계획 이행 중인 법인, 기업개선계획 이행 중인 법인, 경영정상화계획 이행 중인 법인, 유동화전문회사 등 대통령령으로 정하는 법인은 소득의 100분의 100까지 공제합니다.
• 2개 이상 사업연도의 결손금이 있으면 먼저 발생한 사업연도부터 순서대로 공제합니다.
• 법인세 과세표준을 추계 결정·경정하면 이월결손금을 공제할 수 없습니다. 다만 추계 과정에서 장부·증빙 멸실 등 대통령령으로 정하는 사유로 추계하는 경우에는 예외가 있습니다.

연구·인력개발비 세액공제에서의 차이

• 연구·인력개발비 세액공제는 신성장·원천기술, 국가전략기술, 일반연구·인력개발비로 구분해 계산합니다.
• 일반연구·인력개발비의 당기분 방식 공제율은 중소기업 25%, 중소 유예기간 종료 후 1~3년 20%, 4~5년 15%, 중견기업 8%, 일반기업은 수입금액 대비 비율 × 50%(2% 한도) 구조입니다.
• 증가분 방식은 (당기발생액 - 직전 과세연도 발생액)에 중소기업 50%, 중견기업 40%, 일반기업 25%를 적용합니다.
• 신성장·원천기술 및 국가전략기술 연구개발비는 기업 유형에 따라 기본 공제율과 수입금액 대비 추가 공제율 한도가 달라집니다.

최저한세 적용

• 중소기업이 아닌 자는 연구·인력개발비 세액공제 적용 후에도 최저한세 규정에 따라 일정 세액 이상을 납부해야 하며, 공제 후 세액이 최저한세액에 미달하면 그 미달분은 감면되지 않습니다.
• 중소기업이 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 일정 기간 동안 최저한세율이 단계적으로 높아지는 경과 규정이 있습니다.

중복지원 배제 및 신청 요건

• 동일한 과세연도에 여러 감면·공제가 중복 적용될 수 있는 경우 그 중 하나만 선택해야 하는 중복지원 배제 규정이 있습니다.
• 연구·인력개발비 세액공제를 받으려면 구분경리와 세액공제신청이 필요하고, 과제별 연구개발계획서·연구노트 등을 해당 과세연도 종료일로부터 5년간 보관해야 합니다.

확인할 점

• 귀 법인이 중소기업 유예기간 중인지, 중견기업 또는 일반법인에 해당하는지 여부에 따라 공제율과 한도가 달라집니다.
• 이월결손금 공제 한도는 각 사업연도 소득 대비 비율이므로, 실제 공제 가능 금액은 해당 사업연도 소득과 기존 결손금 잔액에 따라 달라집니다.
• 연구·인력개발비 세액공제는 비용 구분, 전담부서 인정, 신청서 제출 등 형식·실질 요건이 함께 충족되어야 합니다.