대학병원은 수익사업을 운영하는데 왜 고유목적사업준비금 설정이 가능한가요?

대학병원이라고 해서 수익사업 자체가 고유목적사업준비금이 되는 것은 아니고, 대학병원이 비영리내국법인에 해당하고 그 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 요건을 갖춘 경우에 가능합니다. 핵심은 ‘수익사업 여부’가 아니라 ① 비영리내국법인인지, ② 수익사업 소득을 고유목적사업준비금으로 설정할 수 있는 대상 법인인지, ③ 그 소득이 손금산입 배제 사유에 해당하지 않는지입니다.

1. 고유목적사업준비금은 수익사업을 하지 않는 법인만 설정하는 제도가 아닙니다.

• 고유목적사업준비금은 비영리내국법인이 고유목적사업이나 일반기부금에 지출하기 위해 손비로 계상하면 일정 한도에서 손금에 산입하는 제도입니다(법인세법 제29조 제1항).
• 여기서 ‘고유목적사업’은 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서, 법인세법 시행령 제3조 제1항에 따른 수익사업 외의 사업을 말합니다(법인세법 시행령 제56조 제5항).
• 즉, 비영리내국법인은 수익사업을 하면서도 그와 별개로 고유목적사업을 수행할 수 있고, 수익사업 소득을 고유목적사업준비금으로 설정하는 구조가 가능합니다.

2. 대학병원이 ‘대상 법인’에 해당하면 특례나 일반 규정으로 수익사업 소득을 준비금 설정에 쓸 수 있습니다.

• 학교법인, 국립대학병원, 서울대학교병원, 국립암센터, 지방의료원, 국립중앙의료원 등은 조세특례제한법 제74조 제1항에 따라 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 수익사업에서 발생한 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 특례 대상에 포함됩니다.
• 그 밖에 일반적인 비영리내국법인은 법인세법 제29조 제1항 각 목의 구분에 따라 이자·배당소득 등은 100%, 그 밖의 수익사업소득은 50%(장학금 지출 비중이 높은 장학법인은 80%) 범위에서 손금산입이 가능합니다.

3. 다만 수익사업 소득에 대해 다른 세제 혜택을 받으면 고유목적사업준비금 손금산입이 배제됩니다.

• 수익사업에서 발생한 소득에 대해 법인세법 또는 조세특례제한법에 따른 비과세·면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제 제외)을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 없습니다(법인세법 제29조 제8항, 법인세법 시행령 제56조 제8항).
• 예를 들어 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 중소기업에 대한 특별세액감면 등을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 않습니다.

4. 대학병원의 수익사업이 왜 문제처럼 보이는지 정리하면 이렇습니다.

• 대학병원의 일부 운영(의료업 등)은 수익사업으로 분류될 수 있습니다.
• 그러나 대학병원이 비영리내국법인이고, 그 수익사업 소득을 고유목적사업(의료·교육 등 설립목적 사업)이나 일반기부금에 쓰기 위해 준비금으로 계상하는 경우에는, 대상 법인 요건과 배제 사유 여부를 충족하면 손금산입이 가능합니다.
• 즉, ‘수익사업이니까 무조건 안 된다’가 아니라, 수익사업 소득을 고유목적사업준비금으로 돌릴 수 있는 법인인지와 다른 세제 혜택과의 중복 적용 여부가 판단 기준입니다.

적용 대상 여부, 수익사업 소득의 범위, 다른 세액감면과의 중복 여부, 5년 내 사용 및 미사용 시 익금산입·이자상당액 납부 등은 법인의 설립 근거, 수익사업 형태, 결산·세무조정 방식에 따라 달라질 수 있으므로, 실제 신고 전에는 해당 대학병원의 결산 자료와 함께 구체적으로 확인하시는 것이 좋습니다.