임원과 직원의 건강검진비 지원액 차액이 곧바로 전액 과세되는 것은 아닙니다. 건강검진비가 근로소득에 해당하는지는 건강검진 관련 법령에 따른 의무 이행 범위 내인지, 그리고 검진 내용·범위·비용 차액이 사회통념상 타당한지를 기준으로 사실 판단하며, 의무 범위를 벗어나거나 차등이 사회통념상 범위를 넘는 부분만 근로소득으로 볼 수 있습니다.
법령상 의무 이행 범위 내 검진비는 근로소득이 아닙니다. 「산업안전보건법」 등 건강검진 관련 법령에 따라 모든 임직원에게 건강검진을 실시하고 회사가 부담하는 비용은 법인의 손금에 해당하고, 해당 임직원의 근로소득으로 보지 않습니다.
검진 내용에 차별을 두어 비용 차액이 생기면 사실 판단 대상입니다. 직원은 기본검진, 임원은 종합검진을 하는 등 검진 내용에 차별을 두고 실시함에 따라 발생하는 비용 차액이 임원의 근로소득에 해당하는지는 관련 법령의 검진범위·검진내용·비용 차액 등 건전한 사회통념을 감안하여 사실 판단해야 합니다.
의무 범위를 넘는 고가 검진이나 법령상 의무가 아닌 자체 복리후생 검진은 근로소득으로 볼 수 있습니다. 「산업안전보건법」 일반건강진단의 필수항목을 넘는 CT 등 고가 검사까지 회사가 부담했거나, 건강검진 관련 법령에 따른 것이 아니라 회사가 자체적으로 실시한 복리후생 차원의 검진비를 부담한 경우에는 근로와 대가관계가 있는 근로소득으로 보아 원천징수 대상이 될 수 있습니다.
차등을 두더라도 전액 과세가 아니라 초과·차등 부분이 쟁점입니다. 차등 지원이라고 해서 차액 전부가 자동으로 과세되는 것은 아니고, 법령상 의무 이행 범위 내인지와 사회통념상 타당한 범위인지가 핵심입니다.
원천징수 및 증빙 처리도 구분해야 합니다. 건강검진비를 근로소득으로 과세하는 경우 급여에 합산하여 근로소득세를 원천징수합니다. 다만 법인이 직원이 부담해야 할 검진비를 대신 지급하고 이를 급여로 보아 원천징수하는 경우에는 법인이 직접 사업자와 사업상의 거래를 한 것이 아니므로 지출증빙서류 수취 규정이 적용되지 않을 수 있습니다.
결론적으로, 임원과 직원의 건강검진비 지원액이 다르더라도 법령상 의무 이행 범위 내이거나 사회통념상 타당한 차등이라면 그 차액까지 모두 과세된다고 단정할 수 없고, 의무 범위를 벗어난 고가 검진이나 자체 복리후생 차원의 차등 지원 등 사실관계에 따라 과세 여부가 달라집니다.
