조세특례제한법상 연구인력개발비 세액공제에 대해 궁금한 점이 있습니다.

조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액공제는 내국인이 각 과세연도에 지출한 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 비용이 있으면, 그 비용의 일정 비율을 해당 과세연도의 법인세 또는 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당)에서 공제하는 제도입니다.

핵심은 연구·인력개발비가 ① 신성장·원천기술 연구개발비, ② 국가전략기술 연구개발비, ③ 일반 연구·인력개발비로 구분되고, 각 구분에 따라 공제율과 계산방식이 달라진다는 점입니다.

• 신성장·원천기술 연구개발비와 국가전략기술 연구개발비는 해당 과세연도에 발생한 비용에 정해진 공제율을 곱해 계산합니다. 국가전략기술에는 반도체, 이차전지, 백신, 디스플레이, 수소, 미래형 운송·이동수단, 바이오의약품, 인공지능 등 대통령령으로 정하는 분야가 포함됩니다.
• 일반 연구·인력개발비는 위 두 기술에 해당하지 않거나 선택하지 않은 경우로, 보통 증가분 방식과 당기분 방식 중 유리한 쪽을 선택할 수 있습니다. 다만 해당 과세연도 개시일부터 소급해 4년간 일반 연구·인력개발비가 발생하지 않았거나, 직전 과세연도 발생액이 그 4년 연평균 발생액보다 적으면 증가분 방식 적용이 제한될 수 있습니다.

적용 시 유의할 점도 있습니다.

• 제1호(신성장·원천기술)와 제2호(국가전략기술)는 2029년 12월 31일까지 발생한 비용에 대해 적용되며, 국가전략기술 중 반도체 분야 기술은 2031년 12월 31일까지 발생한 비용까지 적용됩니다. 제1호와 제2호를 동시에 적용받을 수 있으면 납세의무자 선택에 따라 하나만 적용합니다.
• 신성장·원천기술 또는 국가전략기술 연구개발비를 적용받으려면 일반 연구·인력개발비, 신성장·원천기술 연구개발비, 국가전략기술 연구개발비를 구분경리해야 합니다.
• 연구·인력개발비로 보는 비용은 조세특례제한법 시행령 별표 6에 규정되어 있고, 연구개발출연금등을 받아 지출한 금액이나 국가·지자체·공공기관·지방공기업으로부터 출연금 등을 받아 지출한 금액은 제외됩니다.
• 세액공제를 받으려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 해야 하고, 연구개발 과제별로 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트 등을 작성해 해당 과세연도 종료일로부터 5년간 보관해야 합니다.
• 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 최저한세에 미달해 공제받지 못한 부분은 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도로 이월해 공제할 수 있습니다.

실무에서는 비용이 실제로 연구·인력개발비에 해당하는지, 전담부서 등 요건이나 비용 구분이 제대로 되어 있는지가 자주 문제 됩니다. 기업의 규모(중소기업, 중견기업, 일반법인)와 기술 종류, 비용 성격에 따라 공제율과 계산방식이 달라지므로, 실제 지출 내역과 구분경리 상태를 먼저 확인해 보시는 것이 좋습니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.