조세특례법상 연구인력개발비 세액공제 시 위탁업체와 계약한 금액 중 부가가치세도 세액공제 대상에 포함되나요?

위탁개발비에 포함된 부가가치세 매입세액은 연구·인력개발비 세액공제 대상이 아닙니다.

연구·인력개발비 세액공제는 내국인이 연구개발 및 인력개발에 실제로 지출한 비용을 기준으로 적용하는데, 재화나 용역을 공급받으면서 부담한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받거나 환급받는 금액이므로 해당 과세연도에 실질적으로 지출한 비용으로 보기 어렵습니다.

따라서 위탁업체와 계약한 금액 중 공급가액 부분은 연구개발용역 위탁비용으로서 세액공제 대상 여부를 검토할 수 있지만, 그 계약에 포함된 부가세 매입세액은 세액공제 대상에서 제외됩니다.

실무에서 자주 놓치는 포인트는 다음과 같습니다.

• 위탁개발비의 세액공제 대상 여부는 계약 금액 전체가 아니라, 해당 용역이 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역에 해당하는지, 위탁 대상이 법령에서 정한 기관(전담부서등 등)에 해당하는지, 그리고 사업운영·관리·지원 관련 시스템 개발 위탁비용처럼 제외되는 비용에 해당하지 않는지를 기준으로 판단합니다.
• 선급금처럼 연구활동 기간과 대응되지 않는 금액은 해당 과세연도의 연구·인력개발비로 보기 어려울 수 있어, 연구활동 기간별로 안분이 필요할 수 있습니다.
• 자체 연구개발과 수탁 연구개발을 함께 수행하는 경우, 수탁연구개발 관련 비용은 위탁업체의 연구비용에 해당하므로 이를 수행한 연구원 인건비 등은 원칙적으로 세액공제 대상이 아니고, 합리적인 방법으로 자체연구 부분만 안분해 검토해야 합니다.

정리하면, 위탁개발비 계약 금액 중 부가세는 세액공제 대상이 아니고, 공급가액 부분도 연구개발용역 요건과 위탁기관 요건, 제외 비용 여부를 함께 확인해야 합니다.

최신 개정 사항을 별도로 확인해 보시는 것을 권장드립니다.