의제매입세액 공제를 받으려면 의제매입세액 공제신고서(별지 제15호서식)와 함께, 면세농산물등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 다만 제조업을 경영하는 사업자가 농어민으로부터 면세농산물등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액 공제신고서만 제출하면 됩니다.
제출해야 하는 증빙서류는 다음 중 하나에 해당하는 서류입니다.
이 서류들은 부가가치세 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하며, 국세정보통신망을 통한 제출도 가능합니다. 의제매입세액 공제신고서에는 공급자의 명칭·등록번호와 매입가액 등 거래내용이 사실과 다르게 적혀 있으면 매입세액을 공제받지 못할 수 있습니다.
계산서나 신용카드매출전표등을 발급받지 못한 거래는 원칙적으로 의제매입세액 공제대상에서 제외되며, 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에는 실지귀속에 따라 공제대상을 구분하고 불분명하면 공통매입세액 안분 규정을 준용해 계산합니다. 공제받은 면세농산물등을 그대로 양도하거나 면세사업 등에 사용하면 그 공제액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제해야 합니다.
공제 시기는 면세농산물등을 공급받은 날이 속하는 예정신고 또는 확정신고 때이며, 예정신고 때 서류를 제출하지 못해 공제받지 못한 경우에도 확정신고 때 제출해 공제받을 수 있습니다.