건물의 자본적 지출 시 해당 지출액에 대해 매입세액공제를 받을 수 있나요?

건물에 대한 자본적 지출 관련 매입세액은 원칙적으로 매출세액에서 공제되지 않습니다. 그 이유는 해당 지출이 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하거나, 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하는 경우가 많기 때문입니다.

• 토지 관련 자본적 지출은 부가가치세법 제39조제1항제7호 및 같은 법 시행령 제80조에 따라 매입세액 공제가 되지 않습니다. 예를 들어 토지의 취득·형질변경, 공장부지·택지 조성, 건축물이 있는 토지를 취득해 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우의 철거 건축물 취득·철거 비용, 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 취득원가를 구성하는 비용 관련 매입세액이 이에 해당합니다.
• 과세·면세 겸영 사업자가 건물을 신축·증축하면서 발생한 공통매입세액은 부가가치세법 제40조 및 같은 법 시행령 제81조에 따라 공급가액 비율 등으로 안분하여 면세사업등 관련 부분을 불공제합니다. 건물 사용면적이 구분되면 예정사용면적 비율로 안분하고, 이후 사용면적이 확정되면 정산합니다.
• 자본적 지출에 해당하는 수선비는 소득세 계산상 감가상각한 것으로 의제될 수 있으나(소득세법 시행령 제67조제1항), 이것만으로 부가가치세 매입세액 공제가 자동으로 되는 것은 아닙니다. 부가가치세에서는 해당 지출이 과세사업에만 전적으로 사용되는지, 면세사업 관련인지, 토지 관련 자본적 지출인지 등을 따져야 합니다.
• 다만 과세사업에만 전적으로 사용되는 건물의 자본적 지출이고, 세금계산서 등 적격 증빙을 갖추었으며, 사업과 직접 관련 없는 지출·자동차·기업업무추진비·등록 전 매입세액 등 부가가치세법 제39조의 불공제 사유에 해당하지 않는다면 매입세액 공제가 가능합니다.

따라서 건물 자본적 지출이라고 해서 무조건 공제되거나 무조건 배제되는 것은 아니고, ① 해당 지출이 토지 관련 자본적 지출인지, ② 과세·면세 겸용인지 및 실지귀속 구분 가능 여부, ③ 과세사업 전용 여부와 증빙·불공제 사유 해당 여부를 확인해야 합니다. 실제 사용 현황과 사업 구조에 따라 공제 여부가 달라지므로, 지출 목적과 사용 면적을 기준으로 판단하시는 것이 필요합니다.