소액수선비 한도를 초과하여 감가상각의제가 되는 건물의 자본적 지출에 대해 매입세액공제가 가능한가요?

소액수선비 한도를 넘어 자본적 지출로 분류되어 감가상각의제가 되는 건물 지출이라도, 그 지출이 과세사업에만 전적으로 사용되고 부가가치세법상 불공제 사유에 해당하지 않으면 매입세액 공제가 가능합니다. 다만 자본적 지출이라는 이유만으로 자동 공제되는 것은 아니고, 실지귀속과 불공제 사유 해당 여부를 별도로 따져야 합니다.

• 자본적 지출과 매입세액 공제는 별개의 판단입니다. 소득세법·법인세법상 소액수선비 한도(개별자산 600만원 미만, 직전 자산가액의 5% 미만, 3년 미만 주기적 수선 등)를 초과하면 수선비를 필요경비로 계상해도 자본적 지출로 보아 감가상각한 것으로 의제될 수 있습니다. 그러나 이 과세상 의제가 부가가치세 매입세액 공제를 자동으로 보장하지는 않습니다.

• 공제 가능한 경우는 해당 건물 자본적 지출이 과세사업에만 전적으로 사용되고, 세금계산서 등 적격 증빙을 갖추었으며, 사업과 직접 관련 없는 지출·개별소비세 과세대상 자동차·기업업무추진비·등록 전 매입세액 등 부가가치세법 제39조의 불공제 사유에 해당하지 않는 경우입니다.

• 공제가 어려운 경우는 ① 토지 관련 자본적 지출(토지 취득·형질변경, 건축물 철거 후 토지만 사용 등)에 해당하면 부가가치세가 면세인 토지 원가를 구성하는 비용이라 매입세액이 불공제됩니다. ② 과세·면세 겸영 사업자가 사용하는 건물이고 실지귀속을 구분할 수 없으면 공통매입세액으로서 공급가액 비율 등으로 안분하여 면세사업등 관련 부분은 불공제됩니다. ③ 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용하는 감가상각자산을 과세사업으로 전환하는 경우라면 전환 시점의 잔존 불공제 매입세액 일부를 공제하는 특례가 적용될 수 있으나, 이는 전환 시점에 별도 요건과 계산식을 따릅니다.

• 실무 확인 포인트는 해당 지출이 토지 관련인지, 과세사업 전용인지 또는 과세·면세 겸용인지, 겸용이라면 실지귀속 구분 가능 여부와 안분 기준, 그리고 세금계산서·수령명세서 등 증빙과 불공제 사유 해당 여부입니다.

따라서 질문하신 경우처럼 토지와 무관한 건물의 자본적 지출이라도, 과세사업 전용 여부와 공통사용 여부에 따라 공제 여부가 갈리므로 지출 목적과 실제 사용 현황을 기준으로 판단하셔야 합니다.