특수관계법인으로부터 부동산을 저가 매입한 경우 매수법인의 세무처리는 어떻게 되나요?

특수관계법인으로부터 부동산을 시가보다 낮은 가액으로 매입한 경우, 매수법인은 그 시가와 매입가액의 차액을 익금에 산입하고, 그 차액을 해당 자산의 세무상 취득가액에 가산하여 처리합니다. 다만 이 규정은 특수관계가 있는 개인으로부터 유가증권을 저가 매입하는 경우에 적용되는 별도 규정이며, 특수관계법인으로부터 부동산을 저가 매입하는 일반적인 경우에는 법인세법 제52조 부당행위계산 부인 규정이 적용됩니다.

적용 규정 구분

1. 특수관계 개인으로부터 유가증권 저가매입

   • 법인세법 시행령 제11조제9호 및 관련 규정에 따라 시가와 매입가액의 차액을 익금에 산입합니다.
   • 익금산입 시기는 매입일이 속하는 사업연도입니다.
   • 저가매입차액은 익금산입 유보처분하여 해당 유가증권의 세무계산상 취득가액에 가산한 후, 동 유가증권 양도 시 손금산입합니다.

2. 특수관계법인으로부터 부동산 등 자산 저가매입

   • 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) 및 법인세법 시행령 제88조가 적용됩니다.
   • 자산을 시가보다 낮은 가액으로 매입한 경우, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이면 부당행위계산 부인 대상이 됩니다.
   • 이 경우 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 각 사업연도의 소득금액을 계산합니다.

시가 산정 기준

• 법인세법 시행령 제89조제1항에 따라, 해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격을 시가로 봅니다.
• 시가가 불분명한 경우에는 상속세 및 증여세법을 준용하여 평가합니다.

취득가액 처리

• 부당행위계산 부인으로 익금에 산입한 금액은 해당 자산의 취득가액에 반영되어, 향후 양도 시 손금산입될 수 있습니다.
• 법인세법 시행령 제72조에 따라 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액입니다.

유의사항

• 특수관계법인과의 거래는 행위 당시를 기준으로 판단합니다.
• 주권상장법인이 발행한 주식을 거래한 경우에는 시가 차액 기준(3억원 또는 5%) 적용이 배제됩니다.
• 금전 대여에 대해서는 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 않을 수 있습니다.
• 저가매입으로 인한 익금산입액은 소득처분 대상이며, 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득 등으로 처분될 수 있습니다.

구체적인 사안에 따라 적용 규정과 처리가 달라질 수 있으므로, 실제 거래 내용과 시가 산정 근거를 확인하여 검토하시는 것이 필요합니다.