증권사가 환급금을 직접 가져간 것은 원천징수된 세액을 돌려받는 환급이 아니라, 증권사가 대신 신고·납부한 증권거래세를 과오납한 뒤 그 과오납분을 거래징수할 세액에서 조정해 환급한 것일 가능성이 높습니다. 이 경우 그 금액은 소득세·법인세 신고 시 공제하는 ‘기납부세액’과는 성격이 다릅니다.
정리하면, 증권사가 환급금을 바로 가져갔다고 해서 자동으로 ‘기납부세액’가 되는 것은 아니고, 그 환급이 어떤 세목의 어떤 조정·환급 절차에서 생긴 것인지에 따라 기납부세액에 해당하는지 여부가 달라집니다.