어떤 전자서명인지에 따라 사용할 수 있는 인증서가 달라집니다. 전자서명법 제3조에 따르면 전자서명은 전자적 형태라는 이유만으로 서명·서명날인·기명날인 효력이 부인되지 않고, 법령 규정이나 당사자 약정으로 전자서명을 선택한 경우에는 서명·서명날인·기명날인의 효력을 가집니다. 다만 실제 이용 단계에서는 어떤 전자서명수단을 쓰는지, 어떤 용도로 발급된 인증서인지가 중요합니다.
전자서명법 제6조제2항은 법률·국회규칙·대법원규칙·헌법재판소규칙·중앙선거관리위원회규칙·대통령령·감사원규칙에서 전자서명수단을 특정한 경우를 제외하고는 특정 전자서명수단만 이용하도록 제한해서는 안 된다고 정하고 있으므로, 원칙적으로 특정 인증서만 강제되는 것은 아닙니다. 그러나 실무에서는 해당 전자서명 서비스가 요구하는 인증서 종류나 용도 제한이 있을 수 있습니다.
예를 들어 국세청 전자(세금)계산서 발급처럼 용도가 정해진 절차에서는 전자서명용 인증서가 따로 필요할 수 있고, 금융기관용 공동인증서처럼 용도가 제한된 인증서는 해당 전자서명에 사용하지 못할 수 있습니다. 따라서 지금 보유하신 인증서가 해당 전자서명에 쓸 수 있는지는 ① 어떤 전자서명인지, ② 그 전자서명이 요구하는 인증서 종류와 용도, ③ 보유 인증서의 발급 용도, 이 세 가지를 확인해야 판단할 수 있습니다.
