임대업에 별도 관리비가 없다는 사실만으로 임대료와 간주임대료를 안분 계산에서 빼는 것은 아닙니다. 해당 공통매입세액이 임대업과 무관하고 제조·설치에만 사용된다는 점이 확인되면 임대업의 임대료와 간주임대료는 그 안분 비율에서 제외할 수 있습니다.
공통매입세액은 먼저 실제 사용처를 기준으로 봅니다. 제조업과 설치공사에만 쓰인 비용이라면 해당 사업들에 관련된 공급가액으로 안분하고, 임대업에도 함께 쓰이는 본사 공통비·공용시설비 등이 있다면 그 비용은 임대업까지 포함한 관련 사업의 공급가액으로 안분하는 것이 원칙입니다. 별도의 관리비를 임차인에게 받지 않는지는 이 판단을 대신하지 않습니다.
따라서 비용별로 세금계산서와 사용 내역을 나누어 제조·설치 전용, 임대업 전용, 여러 사업 공통으로 구분해 두시는 것이 좋습니다. 제조·설치와 임대업 사이에 실제로 공통 사용되는 비용이 없다면, 임대업 매출이 작더라도 그 매출을 제조·설치 관련 공통매입세액의 총공급가액에 자동으로 더할 필요는 없습니다. 반대로 임대업에도 함께 쓰이는 비용이 확인되면 임대료와 간주임대료는 과세사업 공급가액으로 분모에 포함될 수 있습니다. 면세 건설매출은 해당 안분 범위에 들어가는 경우 면세공급가액에 반영합니다.
부가가치세법 제40조와 시행령 제81조에 따라 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액만 안분하며, 기본 산식은 공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액입니다. 따라서 현재 말씀하신 ‘임대업에 별도 관리비가 없다’는 사정만으로 임대업 매출을 일괄 제외하기보다는, 각 매입 항목이 임대업 운영에도 사용되는지를 기준으로 처리하셔야 합니다.