A사업자가 용역을 공급받은 것이 사업 영위를 위한 것이라면, 폐업자이거나 자산 관리 중인 경우 임대인이 세금계산서를 발급하거나 부가세를 징수할 이유가 없으므로 이미 납부한 부가세를 환급받는 것이 문제가 되지 않는 것 아닌가요?

용역이 A사업의 운영을 위해 사용되었다는 사정은 매입세액 공제의 중요한 요건이지만, 그것만으로 부가가치세 환급이 정당해지는 것은 아닙니다. 임대인이 과세사업자로서 임대용역을 공급했다면 임대료에 부가가치세를 붙이고 적법한 세금계산서를 발급하는 것이 원칙이며, A사업자가 폐업했거나 임대인이 자산을 관리한다는 사정만으로 그 거래의 부가가치세가 없어지는 것은 아닙니다.

부가가치세법 제38조는 사업자가 자기 사업에 사용하거나 사용할 목적으로 공급받은 용역의 매입세액을 공제하도록 합니다. 다만 실제로 A의 사업을 위한 지출이어야 하고, 세금계산서 등 공제 요건을 갖춰야 합니다. 사업과 관련된 지출이라는 점과 매입세액 공제 요건을 갖췄다는 점은 별개의 판단입니다.

임대인 측은 다음처럼 나눠 보아야 합니다.

• 임대인이 부동산 임대업을 계속하면서 임대용역을 제공한 경우: 임대인이 과세사업자이고 해당 임대가 과세 대상이라면, 임차인(A)의 폐업 여부만으로 임대인의 세금계산서 발급·부가가치세 징수 의무가 사라진다고 볼 수 없습니다. 임대용역이 실제로 공급되었는지, 공급시기가 언제인지, 임대인이 그 시점에 사업자였는지와 세금계산서 발급 여부를 확인해야 합니다.
• 임대인이 임대업을 사실상 중단하고 자기 자산만 관리하는 경우: 단순 자산 관리인지, 실제로 임대용역을 공급하고 있는지에 따라 달라집니다. 제공된 정보만으로는 자산 관리만으로 임대업이 중단되었다고 단정하거나, 반대로 임대용역이 계속 공급되었다고 확정할 수 없습니다. 등록된 사업자가 폐업하면 등록말소 대상이 될 수 있지만, 등록말소 여부만으로 이미 이루어진 거래의 성격이나 부가가치세 처리가 자동으로 바뀌는 것은 아닙니다.

A가 폐업자라는 사실도 매입세액 공제를 자동으로 허용하거나 금지하는 기준은 아닙니다. 용역을 공급받을 당시의 사업 상태, 용역의 실제 사용처, 과세사업과의 관련성, 세금계산서의 발급·수취 및 매입세액 공제 가능 시기를 함께 살펴야 합니다. 사업자등록 신청 전 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않지만, 공급시기가 속한 과세기간이 끝난 뒤 20일 이내에 등록을 신청한 경우에는 법정 예외가 있습니다. 폐업 후 개인적 용도로 사용한 지출이라면 사업을 위한 매입으로 보기 어려울 수 있습니다.

따라서 이미 납부한 부가가치세를 돌려받은 것이 문제가 없는지는 ‘A가 사업을 위해 용역을 받았다’는 이유만으로 결론 낼 수 없습니다. 임대인이 실제로 과세 임대용역을 공급했는지, A가 그 용역을 과세사업에 사용했는지, 적법한 세금계산서와 신고가 있었는지를 확인해야 합니다. 공제 요건을 충족하지 못한 매입세액을 공제·환급받았다면 과세관청이 이를 경정할 수 있습니다. 반대로 요건을 충족한 매입세액이라면 환급 자체가 곧바로 부당하다고 볼 수는 없습니다.

실무적으로는 임대차계약서, 임대료 지급내역, 세금계산서, A의 폐업일과 용역 공급기간, 해당 용역의 실제 사용내역을 대조해 판단해야 합니다. 과세관청의 주장이나 환급 경위에 대한 구체 자료가 없으므로, 그 주장의 적법성이나 환급의 최종 정당성을 여기서 단정하기는 어렵습니다.