휴직 중 본인 부담으로 실제 납부한 공적연금 기여금은 납부한 과세연도의 연금보험료 소득공제 대상이 될 수 있습니다. 다만 공제되는 것은 본인 부담분이며, 납부하지 않고 휴직기간이 지난 것만으로 공제가 생기지는 않습니다.
소득세법 제51조의3에 따라 종합소득이 있는 거주자는 해당 과세기간에 납입한 공적연금 기여금·개인부담금을 종합소득금액에서 공제합니다. 따라서 공무원이 무급 휴직 중 기여금을 매월 내거나, 복직 후 휴직기간의 기여금을 소급해 납부했다면 실제로 납부한 해에 공제를 적용하는 것이 원칙입니다. 국민연금 납부예외 기간의 보험료를 추후 납부한 경우도 납부한 연도의 공제 대상으로 안내되어 있습니다.
공무원은 보수를 받지 않는 휴직기간에는 원칙적으로 기여금을 내지 않지만, 본인이 원하면 휴직 중 매월 낼 수 있고, 복직 후에는 휴직기간의 기여금을 소급해 납부할 수 있습니다. 소급기여금을 한꺼번에 낼 수도 있습니다. 다만 공무원연금의 납부 방식은 휴직 시기와 적용되는 연금 규정에 따라 달라질 수 있습니다.
공제는 연금저축·IRP 납입액에 대한 세액공제와는 다른 소득공제입니다. 납부한 해에 종합소득이 없거나 공제할 소득이 부족하면 실제 세금이 줄지 않을 수 있으며, 다른 소득공제와 합한 금액이 종합소득금액을 넘는 경우 초과분은 공제받지 않은 것으로 봅니다. 납부내역을 확인할 수 있는 자료를 보관하시고, 연말정산에서 반영되지 않았다면 해당 과세연도의 종합소득세 신고에서 공제 여부를 검토하시면 됩니다.