같은 과세연도에 주식을 여러 번 팔아도 주식 양도소득 기본공제는 거래별·신고별로 250만 원씩 적용하는 것이 아니라, 해당 연도 주식 양도소득을 합산해 총 250만 원 한도에서 한 번 적용합니다.
소득세법상 주식 양도소득은 토지·건물 등 다른 양도소득과 구분해 계산합니다. 국내주식과 국외주식은 주식 양도소득 범위에서 함께 고려하므로, 두 종류를 모두 팔았다면 각각 250만 원씩 공제할 수는 없습니다. 예를 들어 국내주식 양도소득에서 이미 250만 원을 공제했다면, 같은 해 국외주식 양도소득에 기본공제를 다시 적용할 수 없습니다.
주식을 여러 차례 양도한 경우에는 그해 먼저 양도한 자산의 양도소득금액부터 순서대로 공제합니다. 또 감면받는 소득이 있다면 감면소득이 아닌 양도소득금액에서 먼저 공제합니다. 따라서 예정신고를 여러 번 하더라도 각 신고에서 250만 원을 새로 공제하면 안 됩니다. 예정신고 때 공제를 적용한 뒤 같은 해 다른 주식도 양도했다면, 연간 거래를 함께 반영해 확정신고 시 공제액과 세액을 정산할 수 있습니다.
실무상 각 거래의 양도가액·취득가액·필요경비를 반영해 양도소득금액을 계산하고, 같은 해 국내·국외 주식 거래를 모아 기본공제 적용액이 연간 250만 원을 넘지 않는지 확인하시면 됩니다. 기본공제는 과세표준 계산 단계에서 양도소득금액에서 차감합니다(소득세법 제92조제2항, 제103조제1항·제2항).