복식부기의무자가 매출누락분을 수정신고할 때 부가가치세와 종합소득세를 모두 수정신고해야 하나요?

과세 대상 매출을 누락해 부가가치세 신고와 종합소득세 신고가 모두 적어졌다면 두 신고를 각각 수정해야 합니다. 다만, 매출의 부가가치세 과세 여부와 종합소득세 신고 내용에 따라 둘 중 하나만 수정하거나 둘 다 수정하지 않을 수도 있습니다.

개인사업자 기준으로는 다음처럼 나누어 확인하시면 됩니다.

• 부가가치세: 누락분이 부가가치세 과세 매출이고 해당 기간 부가가치세 신고에 빠졌다면 그 과세기간 신고를 수정합니다. 면세 매출이라면 그 매출 자체에 부가가치세가 붙지는 않지만, 신고서의 면세수입금액 등 신고 내용이 달라지는지는 별도로 점검해야 합니다.
• 종합소득세: 누락 매출이 사업소득의 총수입금액에 영향을 주었다면 해당 귀속연도의 종합소득세도 수정합니다. 누락 매출에 대응하는 비용을 추가로 반영하려면 사업 관련 지출을 입증할 자료가 있어야 하며, 이미 장부에 반영한 비용을 다시 빼면 안 됩니다.
• 개인지방소득세: 종합소득세 신고 내용을 수정한다면 개인지방소득세 수정신고도 별도로 검토해야 합니다. 소득세 수정신고 내용과 이를 증명하는 서류를 납세지 관할 지방자치단체에 제출하는 절차가 규정되어 있습니다.

수정신고는 종전 신고를 한 세목과 기간별로 각각 처리하는 것이 원칙입니다. 국세 수정신고는 세무서가 결정·경정해 통지하기 전이고 부과제척기간이 끝나기 전에 할 수 있으며, 수정신고서에는 당초 신고와 수정 내용을 적고 수정 부분의 증빙서류를 첨부합니다. 추가 납부세액이 발생하면 납부해야 합니다. 법정신고기한 후 자진 수정신고하면 요건에 따라 과소신고가산세 감면이 가능하지만, 과세관청이 경정할 것을 미리 알고 신고한 경우에는 감면이 제외될 수 있습니다.

따라서 먼저 누락 매출을 거래일·과세기간·과세/면세 구분·귀속연도로 나누고, 부가가치세 신고서와 종합소득세 신고서에 각각 반영됐는지 대조하시는 것이 좋습니다. 종합소득세 신고를 고치더라도 부가가치세 신고가 자동으로 수정되는 것은 아닙니다.