아, 이미 제출 완료하신 신고서는 9월분이군요. 제가 앞서 10월분으로 잘못 이해해 혼란을 드렸습니다. 죄송합니다.
9월 원천징수이행상황신고서의 내용이 맞다면 수정신고하지 않으셔도 됩니다. 10월에 환급신청서를 제출했다는 이유만으로 9월 신고서를 다시 내거나 수정할 필요는 없습니다.
9월 신고 내용에 지급액·인원·원천징수세액 누락이나 잘못 기재한 부분이 있을 때만 해당 9월분을 수정해 제출하시면 됩니다. 수정으로 추가 납부세액이 생기면 그 세액도 납부해야 합니다. 반대로 9월 신고가 정확하고 환급 신청만 하신 상황이라면, 9월 신고서는 그대로 두시면 됩니다.
즉, 지금 말씀하신 내용만 기준으로는 9월분 신고서는 수정하지 않는 것이 맞습니다.