가족법인이라는 이유만으로 위법한 것은 아니지만, 가족이나 관계회사와의 거래를 이용해 법인세 부담을 부당하게 줄이거나 실제 거래·근무가 없는 비용을 장부에 올리면 세무상 문제가 될 수 있습니다.
법인세법 제52조의 부당행위계산 부인은 특수관계인과의 거래로 법인의 세금 부담이 부당하게 줄었다고 인정될 때, 세무당국이 회사가 신고한 거래가격이나 계산을 그대로 인정하지 않고 정상적인 거래 기준으로 소득을 다시 계산하는 제도입니다. 여기서 ‘시가’는 사회 통념과 일반적인 거래 관행에 비추어 특수관계가 없는 사람끼리 거래했다면 적용했을 가격을 말합니다.
다만 모든 가족 간 거래가 부인되는 것은 아닙니다. 법인세법 시행령 제88조는 여러 거래 유형을 정하고 있고, 그중 일부 유형에는 시가와 거래가액의 차이가 3억 원 이상이거나 시가의 5% 이상이어야 한다는 기준이 적용됩니다. 이 기준은 모든 가족 거래에 공통으로 적용되는 면책선이 아니며, 해당 거래 유형과 사실관계를 먼저 따져야 합니다.
실무에서는 거래 전후의 계약서, 가격 산정 근거, 비교 가능한 제3자 거래자료, 이사회·주주총회 의사록(해당 절차가 필요한 경우), 실제 업무 수행 기록과 대금 지급내역을 일관되게 남기세요. 법인은 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용을 명세서로 제출해야 하는 의무도 있습니다. 세무당국은 장부와 서류 제출을 요구해 거래를 조사할 수 있으므로, 명목상 계약만 있고 실제 이행이 없는 구조는 특히 주의해야 합니다.