특수관계인에 대한 가지급금 등에서 발생한 인정이자를 중간예납기간에 세무조정으로 익금산입하는 것만으로는 원천징수세액이 발생했다고 보아 중간예납세액에서 빼지 않습니다. 실제로 이자를 지급받아 법인세가 원천징수된 경우와 구분해야 합니다.
중간예납기간 실적기준 계산은 해당 기간의 과세표준으로 산출한 법인세액에서 그 기간에 실제 법인세로 납부한 원천징수세액 등을 공제하는 방식입니다. 인정이자 익금산입은 세무상 소득에 더하는 조정이고, 실제 이자 지급이나 원천징수가 있었다는 뜻은 아닙니다. 따라서 인정이자를 익금산입하면서 그 금액에 대한 원천징수세액을 별도로 만들어 공제해서는 안 됩니다.
다만 ‘비영업대금의 이익’으로 실제 이자를 지급받은 거래라면 별도입니다. 제공된 기준에는 비영업대금의 이익에 대해 법인세 25%를 원천징수한다고 되어 있으므로, 실제 지급 때 법인세가 원천징수됐다면 해당 중간예납기간에 납부한 법인세 원천징수세액으로 공제할 수 있습니다. 법인지방소득세 특별징수액은 법인세 원천징수세액과 구분해 법인세 중간예납 공제액에 합산하지 않습니다.
실무상 장부의 인정이자 익금산입액과 원천징수영수증·입금내역상 실제 원천징수액을 따로 대조하세요. 인정이자만 계상된 경우에는 원천징수세액 공제 없이 과세표준 계산에 반영하는 것이 핵심입니다.