2025년 원천세 수정신고를 하면 종합소득세도 수정신고를 해야 하나요?

2025년 원천세 수정신고를 했다는 이유만으로 개인의 종합소득세도 자동으로 수정신고해야 하는 것은 아닙니다. 수정된 소득·세액이 본인의 2025년 종합소득세 신고 내용에 영향을 주는지에 따라 달라집니다.

• 원천징수의무자(회사 등)가 원천세만 수정한 경우: 지급명세서까지 수정·제출했는지, 수정 내용이 본인의 소득금액이나 원천징수세액에 반영되는지 확인하셔야 합니다. 원천징수 관련 서류 중 지급명세서에 해당하는 서류를 제출하면 그 제출분은 지급명세서를 제출한 것으로 봅니다(소득세법 제164조제5항).
• 본인의 2025년 종합소득세 신고에 반영한 소득금액이나 세액이 달라진 경우: 신고한 과세표준·세액이 실제보다 적거나, 공제·환급액이 실제보다 적다면 경정청구를 검토할 수 있습니다. 반대로 신고세액이 부족해졌다면 수정신고 대상이 될 수 있습니다. 신고 내용이 바뀌지 않는다면 원천세 수정만으로 종합소득세 신고를 다시 할 필요는 없습니다.
• 근로소득만 있고 연말정산이 정상적으로 끝난 경우에는 종합소득세 확정신고를 하지 않는 경우가 일반적입니다. 다만 다른 소득이 있거나, 연말정산에서 반영되지 않은 소득·공제 내용이 있으면 별도로 판단해야 합니다.

원천징수대상자는 일정 요건에서 경정청구를 할 수 있습니다. 원천징수의무자가 폐업·부도 등으로 청구하기 어렵거나, 정당한 사유로 경정을 요청했는데도 응하지 않는 경우 등에는 본인이 직접 청구할 수 있는 예외가 있습니다. 경정청구는 원칙적으로 법정신고기한이 지난 뒤 5년 이내이며, 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 처리 결과를 통지해야 합니다(국세기본법 제45조의2제1항·제3항·제5항, 같은 법 시행령 제25조의3).

따라서 수정된 원천징수영수증·지급명세서와 2025년 종합소득세 신고 내용을 대조해, 소득금액이나 최종 세액이 달라졌는지부터 확인하시는 것이 좋습니다. 원천세 수정이 회사의 원천징수 납부액만 바꾼 것인지, 본인에게 지급한 소득이나 본인 명의 원천징수세액까지 바꾼 것인지에 따라 결론이 달라집니다.