법인세법상 중소기업에 해당하지 않는 법인은 원칙적으로 이월결손금 공제한도가 각 사업연도 소득의 80%로 적용됩니다. 다만, 법에서 정한 다른 예외 법인에 해당하면 100%까지 공제할 수 있습니다.
여기서 기준은 일상적인 의미의 ‘소기업’ 여부가 아니라 조세특례제한법상 중소기업에 해당하는지입니다. 따라서 소기업이 아니더라도 중소기업 요건을 충족하면 100% 한도가 적용될 수 있고, 중소기업이 아니라면 원칙적으로 80% 한도가 적용됩니다.
또한 다음 법인은 중소기업이 아니어도 공제한도가 100%일 수 있습니다.
공제한도는 이월결손금 잔액 자체가 아니라 해당 사업연도 소득을 기준으로 계산합니다. 예를 들어 일반 법인의 해당 연도 소득이 1억 원이라면, 원칙적으로 그중 8천만 원까지 이월결손금으로 공제할 수 있습니다. 남은 결손금은 이후 사업연도에 공제할 수 있는지와 결손금 발생 시기별 공제기간을 따로 확인해야 합니다.
따라서 신고 전에는 해당 연도의 중소기업 해당 여부와 위 예외 법인 해당 여부를 확인한 뒤, 적용 한도에 맞춰 이월결손금을 공제하셔야 합니다.