법인이 부가가치세 신고 시 매입전자세금계산서가 아닌 매입전자계산서를 발급받은 경우 어떤 문제가 발생하나요?

매입전자계산서만으로는 부가가치세 매입세액을 공제받을 수 없습니다. 전자계산서는 세금계산서와 다른 서류이므로, 법인의 VAT 신고에서 이를 매입전자세금계산서처럼 처리하면 해당 공제가 인정되지 않을 수 있습니다.

• 실제 거래가 면세 거래인 경우: 계산서를 받은 것이 맞습니다. 다만 공급자가 부가가치세를 부과한 거래가 아니므로, 계산서에 적힌 금액을 매입세액으로 공제할 수 없습니다. 비용의 부가가치세 포함 여부를 따져 공제하는 것이 아니라, 해당 거래의 실제 증빙과 회계처리에 맞게 신고해야 합니다.
• 실제 거래가 과세 거래인데 계산서를 받은 경우: 계산서는 세금계산서를 대신하지 못합니다. 매입세액 공제를 받으려면 실제 공급자가 적법한 세금계산서를 발급해야 하므로, 공급자에게 거래의 과세 여부와 발급 서류가 맞는지 확인하고 필요한 경우 정정 발급을 요청하세요. 다만 실제 거래 내용과 공급자의 과세유형에 따라 정정 가능 여부가 달라질 수 있습니다.
• 이미 매입세액으로 공제해 신고한 경우: 그 공제는 부인되어 납부세액이 달라질 수 있으므로 신고 내역을 검토해야 합니다. 잘못 신고한 경우의 가산세는 신고 시점과 사실관계에 따라 달라질 수 있어, 현재 자료만으로 금액을 단정할 수 없습니다.

부가가치세법은 사업에 사용하기 위해 공급받은 재화·용역의 부가가치세액을 매입세액으로 공제하도록 하지만, 공제받지 못하는 매입세액도 별도로 정하고 있습니다. 특히 세금계산서를 발급받지 않은 경우는 원칙적으로 공제 대상이 아니며, 법령이 정한 예외에 해당하는지는 거래 상황별로 판단해야 합니다. 소득세법상 계산서 관련 규정이 있더라도, 그것이 계산서를 VAT 매입세금계산서로 바꾸어 주는 것은 아닙니다.

우선 전자계산서의 공급가액·발급자와 실제 거래 내용, 해당 거래가 면세인지 과세인지, VAT 신고서에서 매입세액으로 공제했는지를 대조해 보시는 것이 좋습니다.