지분율이 50%이지만 지배회사인 연결회사라면 연결납세 적용 시 매출액은 어떻게 반영되나요?

회계상 지배회사로 연결재무제표를 작성하더라도, 지분율이 50%라면 그 사실만으로 세법상 연결납세를 적용할 수 있는 것은 아닙니다. 세법상 연결지배 기준은 원칙적으로 다른 내국법인 주식·출자지분의 90% 이상 보유이므로, 50% 보유라면 일반적으로 연결납세 요건을 충족하지 못합니다.

따라서 두 회사가 회계상 연결대상이라면 연결재무제표에서는 종속회사 매출을 합산한 뒤 회사 간 내부 매출을 제거할 수 있지만, 세법상 연결납세를 적용하지 않는다면 그 회계상 제거가 각 회사의 법인세 신고에 그대로 적용되지는 않습니다. 각 법인은 자기 거래와 소득을 기준으로 별도로 법인세를 계산·신고하고, 내부거래도 각 법인의 세무상 거래로 처리합니다. 회계상 매출 제거와 세무상 소득 조정은 구분하셔야 합니다.

다만 지분율이 직접 보유분만을 뜻하는지, 모회사와 연결지배를 받는 법인의 보유분을 합산하는 구조인지에 따라 세법상 지분율 계산이 달라질 수 있습니다. 그런 합산 방식으로도 90%에 못 미치면 연결납세 대상이 되기 어렵습니다. 요건을 충족하더라도 연결납세는 자동 적용이 아니라 관할 지방국세청장의 승인이 필요하며, 연결가능 자법인이 둘 이상이면 원칙적으로 모두 함께 적용해야 합니다.

회계상 지배력 판단은 회계기준에 따른 별도 판단입니다. 지분율 50%여도 계약이나 의결권 구조 등에 따라 회계상 지배회사일 수 있지만, 그 판단만으로 세법상 90% 연결지배 요건을 대신하지는 않습니다.