면세사업 관련 지출은 어떻게 확인하나요?

면세사업 관련 지출인지는 홈택스의 ‘불공제’ 표시만으로 정하지 말고, 구입한 재화·용역이 면세사업에 실제로 쓰였는지를 거래별로 확인하셔야 합니다. 면세사업에 직접 사용된 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않습니다.

거래별 확인 방법

1. 지출의 용도와 사용처를 확인합니다. 계약서·세금계산서·카드전표와 장부를 대조해 구입 목적, 사용 부서·장소, 실제 사용 내용을 살펴보세요. 면세사업에만 사용한 비용이나 자산의 매입세액은 공제 대상에서 제외합니다. 사업용 자산이라도 면세사업에 쓰이면 같은 원칙이 적용됩니다.
2. 과세사업과 면세사업에 함께 쓰는 비용은 먼저 구분합니다. 사용 내역으로 어느 사업에 귀속되는지 나눌 수 있으면 그 실제 귀속에 따라 처리합니다. 나눌 수 없는 공통 지출은 면세사업에 해당하는 부분을 안분해야 합니다. 일반적으로 총공급가액 중 면세공급가액의 비율 등 정해진 기준을 적용하며, 도축업은 관련 도축 두수에 따라 계산하는 예외가 있습니다.
3. 신고서와 증빙을 함께 점검합니다. 공제하지 못할 매입세액이 있으면 부가가치세 예정·확정신고 때 ‘공제받지 못할 매입세액 명세서’를 제출합니다. 거래별로 판단 근거가 되는 증빙과 공통 지출의 안분 계산 내역도 보관해 두시는 것이 좋습니다.

따라서 홈택스 표시가 ‘불공제’여도 실제로 과세사업에만 사용했고 다른 불공제 사유가 없다면 표시만 보고 확정하지 말고 다시 검토할 수 있습니다. 반대로 ‘공제’로 표시되어도 면세사업 전용 지출이면 공제 대상이 아닙니다. 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 공통으로 쓴 지출이라면 전액 공제하거나 전액 불공제로 처리하지 말고 귀속 여부와 안분 기준을 확인하세요.

이는 부가가치세법 제39조제1항제7호의 면세사업 관련 매입세액 불공제 원칙과 제40조의 공통매입세액 안분 원칙에 따른 것입니다.