당초 세금계산서를 제때 발급했고, 합의된 수수료율은 그대로인데 상대방이 계산을 잘못 알려줘 공급가액을 잘못 적은 것이라면 실제 가격 변동이 아니라 착오 정정으로 처리할 사정에 가깝습니다. 이 경우 상대방에게 지연수취 가산세가 자동으로 붙는다고 단정할 수는 없습니다.
부가가치세법 시행령 제70조는 필요적 기재사항 등을 착오로 잘못 적은 경우, 원래 세금계산서를 음(-)으로 취소하고 올바른 내용으로 다시 발급하는 방법을 두고 있습니다. 다만 세무조사 통지, 현지 확인 착수, 과세자료 해명안내 등을 받아 과세표준이나 세액이 경정될 것을 미리 안 경우에는 이 방식의 수정 발급이 제한됩니다.
당초 세금계산서가 기한 내 발급·수취된 사실이 있고, 이번 수정이 실제 거래가격 변경이 아닌 최초 계산 오류를 바로잡는 것이라면, 수정세금계산서를 받았다는 이유만으로 지연수취 가산세가 당연히 발생한다고 보기는 어렵습니다. 다만 제공된 기준에는 수수료 계산 오류로 공급가액을 고친 모든 경우에 수취자 가산세가 배제된다고 명시되어 있지는 않습니다. 상대방이 당초 세금계산서를 실제로 언제 받았는지, 수정세금계산서 발급이 신고기한 전인지 후인지에 따라 판단이 달라질 수 있어 확정적으로 면제된다고 말하기는 어렵습니다.
실무적으로는 계약서·수수료율 합의 내용과 산출내역을 보관하고, 수정 사유를 실제 경위에 맞게 선택하세요. 당초 공급가액 자체가 계약에 맞게 산정됐고 이후 수수료율이나 대가가 실제로 변경된 것이라면 ‘공급가액 변동’에 해당할 수 있지만, 처음부터 계산을 잘못한 것이라면 그 사유를 공급가액 변동으로 표시하는 것은 맞지 않을 수 있습니다. 적법한 수정세금계산서 발급과 별개로, 당초 신고한 부가가치세에 영향이 생기면 신고 정정도 따로 검토해야 합니다.