건설 중인 자산의 매입세액은 사업자가 과세사업에 사용할 목적으로 공사 관련 재화·용역을 공급받고, 적격 증빙으로 실제 부담한 부가가치세가 확인되며, 공제 제외 항목에 해당하지 않을 때 공제받을 수 있습니다. 공사가 아직 완공되지 않았더라도 요건을 갖춘 해당 과세기간의 매입세액은 신고할 수 있습니다.
공제 여부는 회계상 ‘건설 중인 자산’으로 처리했는지만으로 결정되지 않습니다. 공사의 실제 목적과 사용처, 세금계산서 등 증빙, 매입세액 불공제 사유를 함께 확인해야 합니다.
매입세액은 통상 재화·용역을 공급받은 시기가 속하는 부가가치세 과세기간에 공제합니다. 따라서 공사계약서만으로는 부족할 수 있고, 해당 신고기간의 세금계산서와 공사 내역을 대조해 사업설비 공사와 관련된 매입인지 확인하는 것이 중요합니다. 토지 취득·조성 비용과 건물·시설 공사 비용이 섞여 있다면 구분해 처리해야 합니다.
부가가치세법 제38조는 사업을 위해 공급받은 재화·용역의 매입세액을 공제 대상으로 정하고, 제39조는 공제되지 않는 매입세액을 규정합니다. 과세·면세 겸영으로 귀속을 구분할 수 없는 부분은 제40조에 따라 안분합니다. 간이과세자가 일반과세자로 전환될 때 전환일 현재의 건설 중인 자산에 대해 별도 재고매입세액 공제를 검토하는 경우에는 일반 매입세액 공제와 신고 요건·계산 방식이 다를 수 있습니다.