부가세 확정고지 시 매출세액뿐만 아니라 사업 관련 매입세액도 반영하여 계산하는 것이 맞나요?

부가가치세 확정신고에서 계산하는 세액은 매출세액만으로 정하는 것이 아니라, 사업 관련성이 있고 공제 요건을 갖춘 매입세액을 반영한 금액으로 보시면 됩니다. 다만 ‘확정고지분’이 예정고지액을 뜻하신다면 계산 방식이 다르므로 구분하셔야 합니다.

일반과세자의 부가가치세는 기본적으로 매출세액에서 공제 가능한 매입세액을 뺀 금액입니다. 매입세액은 사업을 위해 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역 등에 대한 부가가치세액이어야 하며, 사업과 무관한 지출 등 법에서 정한 불공제 항목은 뺍니다. 공제 가능한 매입세액이 매출세액보다 많으면 환급세액이 생길 수도 있습니다(부가가치세법 제37조·제38조·제39조).

이 원리는 제1기와 제2기 확정신고 모두 같습니다. 확정신고 때는 해당 신고기간의 매출과 매입을 함께 반영하고, 예정신고·예정고지로 이미 납부한 금액이 있다면 최종 납부세액 계산에 반영합니다. 확정신고는 과세기간 종료 후 25일 이내에 합니다(부가가치세법 제49조).

반면 개인 일반과세자에게 부과되는 예정고지액은 해당 3개월의 실제 매출·매입을 다시 계산한 세액이 아니라, 원칙적으로 직전 과세기간 납부세액을 기준으로 한 중간 납부액입니다. 따라서 예정고지서 금액을 두고 “그 기간의 사업 관련 매입세액까지 반영한 실제 세액”이라고 보기는 어렵습니다. 실제 매출·매입을 반영하는 것은 예정신고를 하거나 확정신고를 할 때입니다.

따라서 고지서에 적힌 금액이 예정고지인지, 확정신고 후 납부할 세액인지에 따라 해석이 달라집니다. 확정신고 세액이라면 공제 가능한 사업 관련 매입세액을 반영한 결과이고, 예정고지액이라면 해당 기간의 실제 매입을 반영한 금액은 아닙니다.