3개 법인의 부가가치세가 합산되어 부과되는 것인가요, 아니면 본점이 각 법인의 부가가치세를 대신 납부해 주는 것인가요?

세 곳이 서로 다른 법인 3개라면 부가가치세가 자동으로 합산되지 않고, 각 법인이 자기 사업의 부가가치세를 따로 신고·납부합니다. 한 법인이 다른 법인의 세금을 대신 송금하더라도 세 법인의 부가가치세가 합쳐지는 것은 아닙니다.

반대로 세 곳이 한 법인의 본점·지점 3곳이라면 신고 방식에 따라 달라집니다.

• 사업자 단위 과세를 신청해 적용받으면 본점에서 사업장 전체의 부가가치세를 한꺼번에 신고·납부합니다. 신고는 본점에서 하되, 각 사업장별 내역을 신고서에 반영합니다.
• 주사업장 총괄 납부를 신청해 적용받으면 각 사업장이 부가가치세 신고를 각각 하고, 납부할 세액이나 환급받을 세액을 주된 사업장에서 합산해 납부·환급받을 수 있습니다. 예를 들어 한 지점은 납부세액, 다른 지점은 환급세액이 있으면 이를 합산해 납부액을 계산할 수 있습니다.
• 둘 중 어느 제도도 적용하지 않는다면 원칙적으로 각 사업장별로 신고·납부합니다.

따라서 질문하신 ‘본점이 내준다’는 방식은 한 법인의 여러 사업장이고, 사업자 단위 과세 또는 주사업장 총괄 납부를 적법하게 신청·적용받은 경우에 해당할 수 있습니다. 주사업장 총괄 납부는 신청이 필요하며, 일반적으로 적용하려는 과세기간이 시작되기 20일 전까지 신청해야 합니다. 신규 사업자 등에는 별도 신청기한이 있습니다.

앞서 말씀하신 세 곳이 별도 법인인지, 한 법인의 본점·지점인지가 핵심입니다. 별도 법인 3개라면 각 법인이 따로 신고·납부하고, 한 법인의 사업장 3곳이라면 등록·신청한 제도에 따라 본점 신고 또는 본점 납부가 가능합니다.