부가세를 본점·지점분까지 합쳐 납부한다고 해서 세율이 올라가거나 추가 세금이 붙는 것은 아닙니다. 다만 여러 사업장의 세액을 합친 금액을 납부하므로, 한 사업장만 따로 볼 때보다 총 납부액은 커 보일 수 있습니다.
주사업장 총괄납부를 이용하는 경우에는 각 사업장별로 부가세를 계산·신고하고, 사업장별 납부세액과 환급세액을 합산해 주사업장에서 납부하거나 환급받습니다. 예를 들어 한 지점에 납부세액이 있고 다른 지점에 환급세액이 있으면 합산 결과에 반영될 수 있습니다. 합산은 납부 장소와 방식의 차이이지, 세율을 높이는 제도가 아닙니다. 일반적인 부가가치세율은 10%입니다.
다만 본점에서 지점분까지 신고서 자체를 한꺼번에 제출하는 방식은 주사업장 총괄납부와 다를 수 있습니다. 총괄납부 사업자는 각 사업장별로 신고하고, 사업장별 과세표준·납부세액(환급세액) 명세를 첨부해야 합니다. 사업자 단위 과세로 등록한 경우에는 본점에서 사업자 단위로 신고·납부합니다. 두 방식은 신고 절차가 다르므로 현재 적용 중인 유형을 확인하시는 것이 좋습니다.