평생직업교육학원이 부가가치세 면세 교육용역을 제공하는 학원이라면, 그 학원 운영에 쓴 매입비용의 부가가치세는 원칙적으로 공제받을 수 없습니다.
「부가가치세법」은 정해진 교육용역을 면세로 하고, 면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않도록 정하고 있습니다. 따라서 임차료·교재비·비품 구입비 등에 부가가치세가 포함되어 있더라도, 해당 비용이 면세 교육사업에 사용됐다면 그 부가가치세를 환급받거나 매출세액에서 빼는 방식으로 공제할 수 없습니다. 회계·소득세 처리에서는 공제받지 못한 부가가치세가 비용 또는 자산 취득가액에 포함될 수 있습니다.
다만, ‘평생직업교육학원’이라는 명칭만으로 면세 여부가 확정되는 것은 아닙니다. 주무관청의 허가·인가를 받거나 등록·신고된 학원 등 법령에서 정한 시설이 학생·수강생 등에게 지식이나 기술을 가르치는 교육용역을 제공해야 합니다. 무도학원과 자동차운전학원은 교육용역 면세에서 제외됩니다.
과세 교육·컨설팅 등 면세가 아닌 사업도 함께 운영한다면 매입세액을 구분해야 합니다. 과세사업에만 직접 사용한 매입은 공제 대상이 될 수 있고, 면세사업에만 사용한 매입은 공제되지 않습니다. 어느 사업에 썼는지 나눌 수 없는 공통 매입은 원칙적으로 면세공급가액 비율로 안분하며, 면세공급가액이 총공급가액의 5% 미만인 경우 등에는 예외적으로 공제되는 규정이 있습니다.
우선 사업자등록 내용과 실제 허가·등록·신고 상태, 수강료 외 과세 매출의 유무를 확인하고, 매입 증빙을 과세사업·면세사업·공통 사용분으로 구분해 두시는 것이 좋습니다.