사업자등록 변경신고를 늦게 했다는 이유만으로 별도의 법정 평가방법(추계방법)이 적용되는 것은 아닙니다. 변경신고는 지체 없이 해야 하지만, 신고가 늦었다고 해서 곧바로 사업소득이나 부가가치세 과세표준을 추계로 계산한다는 내용은 확인되지 않습니다.
부가가치세법 시행령 제14조는 상호·업종·사업장 주소·공동사업자 등 등록사항이 바뀌면 정정신고서를 제출하도록 하고, 세무서가 변경 내용을 확인해 등록증을 정정·재발급하는 절차를 정합니다. 신고를 받은 뒤 재발급하는 기한은 변경 항목에 따라 당일 또는 신고일부터 2일 이내입니다. 이는 세무서의 처리기한이지, 사업자가 변경 후 그 기간 안에 신고해야 한다는 뜻은 아닙니다. 사업자는 변경 사유가 생기면 지체 없이 신고해야 합니다.
제공된 기준에서는 사업자등록 정정신고를 하지 않거나 늦게 했다는 사정만으로 미등록가산세를 부과하거나 조세범 처벌을 하는 것은 아니라고 설명합니다. 다만 주소·업종 등 등록정보가 실제와 달라 세금 관련 안내나 서류에 문제가 생길 수 있으므로, 아직 정정하지 않았다면 변경사항을 증명하는 서류와 사업자등록 정정신고서를 제출하는 것이 좋습니다. 변경 종류에 따라 임대차계약서나 인허가 서류 등이 필요할 수 있습니다.
한편 제공된 주세법의 추계방법은 주류 제조자의 주세 과세표준·세액을 결정하거나 경정할 때 장부가 없거나 장부 내용이 명백히 사실과 다른 경우 등에 관한 별도 규정입니다. 사업자등록 변경신고 지연에 적용되는 방법은 아니므로, 질문하신 사안에 그대로 적용할 수 없습니다.