임상대행기관이 카드매출전표를 발행한 경우, 동일한 거래에 대해 세금계산서를 추가로 발급하면 중복 발급 문제가 발생하나요?

말씀하신 문장은 대행기관이 귀사에 직접 카드매출전표를 발급한 경우를 뜻합니다. 이때 같은 용역 거래에 세금계산서까지 추가 발급하면 중복 발급 문제가 생길 수 있습니다.

다만, 카드전표가 대행기관이 병원이나 다른 업체에 비용을 낼 때 받은 전표라면 이야기가 다릅니다. 그 전표는 대행기관의 제3자 매입 증빙이므로, 귀사에 발급한 세금계산서와 같은 거래의 증빙이라고 볼 수 없습니다. 귀사에 대한 용역대가를 세금계산서로 발급할 수 있는지는 실제 거래 내용과 계약상 정산 구조를 따져야 합니다.

구분 기준은 간단합니다.

• 카드전표의 가맹점·공급자와 거래 상대방이 대행기관과 귀사라면: 귀사에 대한 매출전표인지 확인하고, 같은 거래의 세금계산서를 추가 발급하지 않도록 점검하세요.
• 카드전표의 가맹점이 병원 등 제3자라면: 대행기관이 제3자에게 지출한 매입 증빙일 수 있습니다. 대행기관의 귀사 청구액은 계약서·정산내역과 실제 제공한 용역을 기준으로 별도로 판단합니다.

부가가치세법 제33조제2항은 법령에서 정한 사업자가 신용카드매출전표 등을 발급한 경우 세금계산서를 발급하지 않도록 정하고 있습니다. 따라서 카드전표를 발급한 주체, 거래 상대방, 발급 시점을 먼저 확인해야 합니다. 반대로 세금계산서를 먼저 발급하고 이후 그 대금을 카드로 결제한 경우는 카드전표를 먼저 발급한 경우와 구별됩니다.