종교활동비는 정해진 요건을 갖춘 비과세 금액이면 과세되는 종교인소득에서 제외되므로, 그 금액에 소득세를 원천징수하지 않습니다. 다만 ‘종교활동비’라는 이름으로 지급했다는 이유만으로 자동으로 비과세되는 것은 아닙니다.
비과세로 처리하려면 종교단체의 규약이나 의결기구의 의결·승인 등을 통해 지급 기준이 정해져 있어야 하고, 그 기준에 따라 종교 활동에 통상적으로 사용할 목적으로 지급되어야 합니다. 종교인 개인에게 자유로운 처분권이 넘어가 생활비처럼 쓰일 수 있는 돈이라면 종교활동비로 보기 어려울 수 있습니다. 예를 들어 개인에게 귀속되는 자녀교육비나 개인 부담 사회보험료는 종교활동비로 분류할 수 없습니다.
종교단체가 종교인에게 활동비를 지급하는 경우에는 지급 기준과 사용 목적을 확인할 수 있도록 규약·의결 자료, 지급 내역, 사용 증빙 등을 갖추고, 종교인에게 귀속되는 보수와 단체의 활동 경비를 구분해 기록·관리하는 것이 중요합니다. 종교인에게 지급하지 않고 단체가 직접 지출·관리한 공적 활동 경비는 개인에게 지급한 종교활동비와 구분됩니다.
또한 종교인소득은 종교단체가 원천징수하지 않는 선택도 가능합니다. 원천징수를 하지 않는 경우 종교인은 종합소득세 신고를 해야 합니다. 한편 종교인에게 직접 지급한 종교활동비는 비과세라 하더라도 지급명세서에 기재해야 하므로, 원천징수 제외와 지급명세서 기재 여부는 별개의 문제입니다.