금액을 단순 착오로 잘못 적은 것이고, 세무조사 통지 등으로 세액을 고칠 것을 미리 알기 전에 적법하게 수정전자세금계산서를 발급했다면 그 수정발급 자체에 대한 세금계산서 가산세는 원칙적으로 발생하지 않습니다.
부가가치세법 시행령 제70조에 따라 필요적 기재사항 등을 착오로 잘못 적은 경우에는 당초 세금계산서 내용대로 음(-)의 수정세금계산서를 발급하고, 올바른 금액으로 다시 발급합니다. 두 수정분의 작성일은 원래 세금계산서 작성일인 9월 30일로 적습니다. 따라서 10월 16일에 수정발급했다는 이유만으로 지연발급 가산세가 붙는 것은 아닙니다.
다만, 다음 사항은 구분하셔야 합니다.
예외적으로, 세무조사 통지를 받았거나 세무공무원이 현지 확인에 착수했거나 과세자료 해명안내를 받은 경우 등 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 상황이라면 착오정정 사유로 수정세금계산서를 발급할 수 없습니다. 또한 금액 오류가 단순 착오가 아니라 착오 외의 사유라면 발급기한이 달라질 수 있습니다.
따라서 질문처럼 9월 30일 발급분을 10월 16일에 단순 금액 착오정정한 경우라면, 세무조사 등 제한 사유가 없고 수정세금계산서를 올바른 방식으로 발급해 예정신고에 반영했다는 전제에서 세금계산서 가산세는 나오지 않는 것으로 볼 수 있습니다.