건강기능식품은 일반적으로 부가가치세가 과세되지만, 제품의 실제 형태와 가공 정도에 따라 달라질 수 있습니다. ‘건강기능식품’이라는 표시나 판매 분류만으로 면세 여부가 정해지는 것은 아닙니다.
부가가치세법은 면세 대상을 법에 열거하고 있으며, 식품은 원생산물이나 성질이 변하지 않는 정도로 1차 가공한 미가공식료품 등이 면세 대상입니다. 가공·제조하여 건강기능식품으로 만든 제품은 보통 이 범위에 해당하지 않아 과세됩니다. 예를 들어 캡슐·정제·분말·액상 형태로 제조된 제품은 통상 과세로 처리될 가능성이 큽니다.
다만 제품명만으로 확정할 수는 없습니다. 원재료, 제조·가공 과정, 관세율표상 분류 등 구체적인 제품 특성을 살펴야 합니다. 미가공 농·축·수·임산물에 해당하거나 법령상 미가공식료품의 범위에 들어가는 제품이라면 면세 가능성이 있으므로, 제품의 성분표와 제조공정, 포장·판매 형태를 함께 확인해야 합니다.
사업자가 판매하는 경우 과세제품이면 판매 단계에서 부가가치세를 반영하고 관련 신고를 해야 합니다. 면세제품만 공급하는 사업자와 과세제품도 함께 판매하는 사업자는 매입세액 처리와 신고 의무가 달라질 수 있으므로, 제품별로 과세·면세를 구분해 장부와 증빙을 관리하시는 것이 좋습니다. 실제 판정은 제품의 구체적인 제조·가공 내용에 따라 달라질 수 있습니다.