농민에게서 직접 매입했다는 사실은 누가 실제로 농산물을 공급했고, 어떤 물품을 얼마에 사고 대금을 누구에게 지급했는지 서로 맞춰 확인할 수 있는 자료로 입증하시는 것이 좋습니다. 다만 부가가치세법령에 ‘직접 거래’를 입증하는 단일 서류 목록이 정해져 있는 것은 아닙니다.
실무상 다음 자료를 거래 건별로 함께 보관해 두세요.
자료에 적힌 공급자, 물품·수량, 거래일, 지급받은 사람이 서로 일치하도록 정리하는 것이 중요합니다. 중간상에게 대금을 보내거나 중간상이 물품을 공급한 것으로 보이면 농민과 직접 거래했다는 점을 입증하기 어려울 수 있으므로, 실제 공급·인도 경위를 보여주는 자료도 함께 남기세요. 위 자료는 입증을 돕는 실무상 예시이며, 거래 형태에 따라 필요한 자료는 달라질 수 있습니다.
의제매입세액 공제를 받으려면 원칙적으로 신고 때 의제매입세액 공제신고서와 매입처별 계산서합계표, 신용카드매출전표 등 수령명세서 또는 매입자발행계산서합계표 중 해당 서류를 제출해야 합니다. 다만 제조업자가 농어민에게서 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 공제신고서만 제출하도록 예외가 있습니다. 이 예외는 제출서류에 관한 것이므로, 거래 사실을 뒷받침할 자료까지 정리해 보관하시는 편이 안전합니다. 법인이라면 정규 증빙을 받을 수 없는 거래도 다른 객관적인 자료로 거래와 지출 사실을 확인할 수 있도록 기록을 갖추는 것이 중요합니다.
부가가치세법 제42조와 부가가치세법 시행령 제84조에 따라 의제매입세액 공제 여부와 제출서류가 정해지며, 공제받으려는 경우 해당 예정·확정신고와 함께 관련 서류를 제출해야 합니다.