카드 결제 시 부가가치세 없이 카드 수수료 3%만 추가로 부과하는 방식은 가능한가요?

말씀하신 구조는 플랫폼 서비스 수수료에 부가가치세 10%를 더하는 것이 아니라, 카드결제 때 정산금에서 3%만 공제하고 별도의 부가가치세는 청구하지 않는 방식으로 이해했습니다. 다만 3%를 ‘카드수수료’라고 부르거나 부가가치세를 따로 받지 않는다고 해서 그 금액이 자동으로 부가가치세 과세 대상에서 빠지는 것은 아닙니다.

부가가치세법 제29조는 과세표준을 공급가액으로 정하고, 공급받는 자에게서 받는 금전적 가치가 있는 대가를 공급가액에 포함하도록 합니다. 따라서 계약과 실제 정산에서 입점사가 플랫폼에 지급해야 할 금액 중 3%를 플랫폼이 공제·수취하는 구조라면, 그 금액이 플랫폼의 과세 용역에 대한 대가인지 또는 단순히 카드사에 실제 지급한 비용을 대신 정산한 것인지에 따라 세무 처리가 달라질 수 있습니다. 현재 설명만으로는 3%를 과세표준에서 제외할 수 있다고 확정하기 어렵습니다.

특히 다음을 구분해 보셔야 합니다.

• 카드사가 플랫폼에 실제 부과한 수수료를 플랫폼이 부담하고, 그 비용을 입점사 정산에서 공제하는 구조인지
• 플랫폼이 입점사에 3%를 별도로 청구하거나 정산수수료로 귀속시키는 구조인지
• 공제액이 실제 카드사 수수료와 일치하는지, 아니면 정률로 정한 별도 금액인지

세금계산서나 정산서에 부가가치세를 표시하지 않았다는 사실만으로 과세 여부가 결정되지는 않습니다. 3%가 과세되는 플랫폼 용역의 대가로 판단되면 부가가치세 신고 대상에 포함될 수 있고, 받은 금액에 부가가치세가 포함됐는지가 분명하지 않은 경우에는 부가가치세법 제29조제7항에 따라 받은 금액의 110분의 100을 공급가액으로 봅니다. 반대로 실제 카드사 비용을 단순히 대신 지급·정산한 것이라면, 그 성격과 증빙을 확인해야 합니다.

따라서 계약서에는 ‘부가가치세 없음’이라고 단정하기보다 카드사 수수료의 실제 부담 주체, 3%의 산정 근거, 정산 방식 및 증빙을 사실에 맞게 적고, 카드사 수수료 명세와 입점사별 정산 내역을 대조해 세무 처리하시는 것이 안전합니다. 현재 제공된 정보에는 이 3%의 과세 여부를 확정할 별도 기준이 없어, 구체 계약·정산 구조를 검토해야 합니다.