재단법인의 경우, 비영리 사업과 관련하여 발행된 매입 세금계산서의 부가가치세 공제는 불가능한가요?

재단법인이 비영리로 운영된다는 이유만으로 매입세액 공제가 모두 막히는 것은 아니며, 매입한 물품·용역이 어떤 활동에 사용되는지가 기준입니다.

• 면세사업이나 부가가치세 과세 대상이 아닌 고유목적사업에 사용한 매입이라면 관련 매입세액은 공제할 수 없습니다. 예를 들어 과세되지 않는 연구·교육 등 고유목적사업에 직접 쓰는 비용은 그 사업과 관련된 매입세액으로 보아 공제 대상에서 제외될 수 있습니다.
• 재단법인의 과세사업에 사용한 매입이라면, 재단법인이라는 이유만으로 공제가 배제되지는 않습니다. 사업에 사용할 목적이 있고 적법한 세금계산서 등 증빙을 갖추는 등 요건을 충족하면 공제할 수 있습니다.
• 과세사업과 비영리·면세사업에 함께 사용한 매입은 사용 내역과 관련성을 구분해 판단해야 합니다. 비영리사업과 과세사업이 한 재단 안에 함께 있다는 사실만으로 전액 공제 또는 전액 불공제로 단정할 수는 없습니다.

따라서 장부나 세금계산서에 ‘비영리’라고 표시했는지만 보지 말고, 해당 지출이 실제로 어떤 사업에 쓰였는지 확인하셔야 합니다. 또한 사업과 직접 관련 없는 지출, 세금계산서를 받지 않았거나 필요한 기재사항에 문제가 있는 경우 등은 별도로 공제되지 않을 수 있습니다. 부가가치세법 제38조는 사업을 위해 사용하거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역의 매입세액을 공제 대상으로 하고, 제39조는 면세사업 등에 관련된 매입세액 등을 공제하지 않도록 정하고 있습니다.