일반적인 프리랜서는 3.3%를 원천징수당했더라도 근로자처럼 연말정산하지 않고, 다음 해 5월 종합소득세 신고로 최종 세금을 정산합니다. 다만 보험모집인·방문판매원·음료품 배달원처럼 법에서 정한 일부 사업소득자는 요건을 갖추면 지급처가 사업소득 연말정산을 할 수 있습니다.
독립적으로 용역을 제공하고 사업소득으로 지급받은 대가에서 떼는 3.3%는 소득세 3%와 지방소득세 0.3%입니다. 이는 보통 최종 세금이 아니라 미리 납부한 세금이므로, 다음 해 5월 신고 때 해당 연도의 소득과 필요경비·공제 등을 반영해 세금을 다시 계산합니다. 이미 원천징수된 소득세는 기납부세액으로 빼고, 최종 세액이 더 크면 추가 납부하고 더 작으면 환급받을 수 있습니다.
예를 들어 2025년에 받은 프리랜서 사업소득은 원칙적으로 2026년 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세 신고 대상입니다. 근로소득이 함께 있거나 다른 종합소득이 있다면 해당 소득을 합산해 신고해야 할 수 있습니다. 회사에서 근로소득 연말정산을 했다는 사정만으로 프리랜서 사업소득까지 정산이 끝나는 것은 아닙니다.
보험모집인, 방문판매원, 음료품 배달원은 간편장부대상자 등 법정 요건을 충족하고 지급처가 연말정산을 한 경우, 그 사업소득에 대해 별도의 종합소득세 확정신고를 하지 않을 수 있습니다. 특히 방문판매원과 음료품 배달원은 지급처가 실제로 연말정산한 경우여야 합니다. 연말정산 대상 소득 외에 다른 신고 대상 소득이 있거나, 여러 지급처의 소득을 합산 정산하지 않은 경우에는 신고가 필요할 수 있습니다.
이때 공제 등을 적용받으려면 해당 과세기간 다음 해 2월분 사업소득을 받기 전 지급처에 소득·세액 공제신고서를 제출해야 합니다. 연말정산사업소득이 있더라도 확정신고를 하는 경우에는 연말정산 때 적용한 방식으로 계산한 소득금액을 신고할 수 있습니다(소득세법 시행령 제201조의11제10항).