구매확인서 발급 시 매출영세 금액에서 매입영세 금액을 차감하고 발급해야 하나요?

구매확인서는 매출 영세율 금액에서 매입 영세율 금액을 빼서 순액으로 발급하는 방식이 아닙니다. 수출용으로 구매한 재화의 거래를 기준으로 구매확인서의 대상 금액을 확인하고, 매입 거래별로 발급·관리하셔야 합니다.

예를 들어 수출용 원재료를 1,000만 원어치 구매하고, 다른 거래에서 영세율 매출이 1,500만 원 발생했더라도 두 금액을 상계해 500만 원만 구매확인서에 적는 것은 아닙니다. 구매확인서는 해당 수출용 원재료 구매 거래를 뒷받침하는 서류이므로, 그 거래에 해당하는 금액과 품목·수량 등을 기준으로 작성합니다.

다만 구매확인서에 적을 금액이 매입대금 전액과 항상 같다고 단정할 수는 없습니다. 실제로 수출용으로 구매한 범위, 계약·발주 내용, 납품 및 대금 자료와 구매확인서의 기재 내용이 맞아야 합니다. 구매확인서에 근거해 공급자가 영세율 세금계산서를 발급하는 경우에도, 구매확인서 발급 요건과 거래 사실이 맞지 않으면 영세율 적용에 문제가 생길 수 있습니다.

따라서 구매확인서를 작성할 때는 다음처럼 처리하시면 됩니다.

• 해당 구매 거래의 공급가액·품목·수량을 확인하고, 그 거래를 기준으로 작성합니다.
• 다른 거래의 영세율 매출액이나 매입액을 서로 빼거나 합산해 순액으로 적지 않습니다.
• 구매확인서와 계약서·발주서·납품자료·세금계산서의 내용이 서로 일치하도록 보관합니다.

질문하신 내용에 대한 핵심은 매출 영세율과 매입 영세율을 상계하지 않는 것입니다. 다만 어떤 거래를 구매확인서 대상에 넣을 수 있는지는 실제 수출용 구매인지와 거래 증빙에 따라 판단해야 합니다.